APAlyzer

DOI:10.18129 / B9.bioc.APAlyzer

一个使用RNA-seq数据进行APA分析的工具包

Bioconductor版本:发行版(3.16)

利用RNA-seq数据进行3'UTR APA、内含子APA和基因表达分析。

作者:王瑞佳[cre, aut]，田斌[aut]，陈伟春[aut]

维护者:Ruijia Wang

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("APAlyzer")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“APAlyzer”)

超文本标记语言	R脚本	APAlyzer:用于RNA-seq APA分析的工具包
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释，DataImport，DifferentialExpression，GeneExpression，GeneRegulation，RNASeq，测序，软件
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	GenomicRanges，GenomicFeatures，GenomicAlignments，DESeq2，ggrepel，SummarizedExperiment，Rsubread统计数据,ggplot2、方法、rtracklayer，VariantAnnotation，dplyr，tidyr，repmis，Rsamtools，HybridMTest
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，org.Mm.eg.db，AnnotationDbi，TBX20BamSubset，testthat，pasillaBamSubset
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/RJWANGbioinfo/APAlyzer/
BugReports	https://github.com/RJWANGbioinfo/APAlyzer/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	APAlyzer_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	APAlyzer_1.12.0.zip
macOS二进制(x86_64)	APAlyzer_1.12.0.tgz
macOS二进制(arm64)	APAlyzer_1.11.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/APAlyzer
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ APAlyzer
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/APAlyzer/
包下载报告	下载数据