ANCOMBC

DOI:10.18129 / B9.bioc.ANCOMBC

微生物组差异丰度及相关分析与偏差校正

Bioconductor版本:发行版(3.16)

ANCOMBC是一个包含微生物组数据差异丰度(DA)和相关分析的软件包。具体来说,该软件包包括:用于DA分析的微生物组组成分析2 (ANCOM- bc2)、用于偏差校正的微生物组组成分析(ANCOM- bc)、用于相关性分析的微生物组组成分析(ANCOM)和用于相关性分析的微生物组之间相关性稀疏估计(SECOM)。微生物组数据通常受到两个偏差来源的影响:不平等抽样分数(样本特定偏差)和差异测序效率(分类单元特定偏差)。ANCOMBC包中包含的方法旨在纠正这些偏差并构建统计上一致的估计值。

作者:黄林[cre, aut]

维护者:黄林

引文(从R内,输入引用(“ANCOMBC”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“ANCOMBC”)

超文本标记语言 R脚本 安共体
超文本标记语言 R脚本 ANCOMBC
超文本标记语言 R脚本 ANCOMBC2
超文本标记语言 R脚本 西科姆
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpression微生物组归一化测序软件
版本 2.0.2
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.2.0)
进口 米娅统计数据,CVXRDescToolsHmisc质量RdpackS4VectorsSingleCellExperimentSummarizedExperimentTreeSummarizedExperimentdoParalleldoRNGdplyremmeans能源foreachlme4lmerTestmagrittrnloptr平行,rlangrngtools宠物猫tidyr,跑龙套
链接
建议 knitrrmarkdowntestthatDT脱字符号微生物组tidyverse
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/FrederickHuangLin/ANCOMBC
BugReports https://github.com/FrederickHuangLin/ANCOMBC/issues
全靠我
进口我 benchdamicmicrobiomeMarker
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 ANCOMBC_2.0.2.tar.gz
Windows二进制 ANCOMBC_2.0.2.zip
macOS二进制文件(x86_64) ANCOMBC_2.0.2.tgz
macOS二进制文件(arm64) ANCOMBC_2.0.2.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ANCOMBC
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ANCOMBC
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/ANCOMBC/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ANCOMBC/
软件包下载报告 下载数据
BioC 3.16的旧源包 源存档

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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网