ADaCGH2

DOI:10.18129 / B9.bioc.ADaCGH2

利用并行计算和ff对象分析aCGH实验大数据

Bioconductor版本:发行版(3.16)

阵列CGH数据的分析与绘制。允许使用圆形二进制分割,基于小波的平滑(包括Liu等人,以及Ben-Yaacov和Eldar中的HaarSeg), HMM, BioHMM, GLAD, CGHseg。大多数计算是并行的(通过分叉或集群,包括MPI和套接字集群),并使用ff存储数据。

作者:Ramon Diaz-Uriarte 和Oscar M. Rueda < Rueda。Om在gmail.com>。基于小波的aCGH平滑代码从李Hsu 和道格拉斯格罗夫。Imagemap代码从Barry Rowlingson 。HaarSeg代码来自Erez Ben-Yaacov;下载自。代码来自ffbase by Edwin de Jonge , Jan Wijffels, Jan van der Laan。

维护者:Ramon Diaz-Uriarte

引文(从R内,输入引用(“ADaCGH2”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“ADaCGH2”)

PDF R脚本 ADaCGH2概述
PDF ADaCGH2-long-examples.pdf
PDF benchmarks.pdf
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews CopyNumberVariants微阵列软件
版本 2.38.0
在Bioconductor BioC 2.7 (R-2.12)(12年)
许可证 GPL (>= 3)
取决于 R(>= 3.2.0),平行,ff很高兴
进口 DNAcopytilingArraywaveslim集群aCGHsnapCGH
链接
建议 CGHregions开罗limma
SystemRequirements
增强了 Rmpi
URL https://github.com/rdiaz02/adacgh2
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 ADaCGH2_2.38.0.tar.gz
Windows二进制 ADaCGH2_2.38.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) ADaCGH2_2.38.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) ADaCGH2_2.37.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ADaCGH2
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ADaCGH2
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ADaCGH2/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网