删除包

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包删除Bioconductor 3.16版本

软件包:

• ABAEnrichment
• 自动调谐
• 萤石
• caOmicsV
• clonotypeR
• CountClust
• diffloop
• GCSConnection
• GCSFilesystem
• GenoGAM
• genphen
• gprege
• networkBMA
• 奥纳西斯
• perturbatr
• ppiStats
• ProteomicsAnnotationHubData
• PSICQUIC
• PubScore
• Rgin
• RmiR
• RpsiXML
• ScISI
• SLGI
• 寿司
• tofsims
• TSRchitect

实验数据包:

• DREAM4
• MSstatsBioData
• ppiData

工作流软件包:

• 蛋白质组学

包删除Bioconductor 3.15版本

软件包:

• affyPara
• 阿尔卑斯山脉
• 阿尔萨斯
• BrainStars
• dualKS
• ENCODExplorer
• ENVISIONQuery
• FindMyFriends
• GeneAnswers
• gramm4R
• KEGGprofile
• MSstatsTMTPTM
• MSGFplus
• MSGFgui
• 紧身的
• PanVizGenerator
• predictionet
• RGalaxy
• scClassifR
• SRGnet
• SwimR

实验数据包:

• ABAData
• brainImageRdata
• tcgaWGBSData.hg19

注释:包

• org.Pf.plasmo.db

包删除Bioconductor 3.14版本

软件包:

• AffyExpress
• affyQCReport
• AnnotationFuncs
• ArrayTools
• bigmemoryExtras
• BiocCaseStudies
• CancerMutationAnalysis
• ChIPSeqSpike
• CompGO
• CoRegFlux
• CrossICC
• cytofast
• DBChIP
• dexus
• EasyqpcR
• 埃达
• eisa
• 肘
• ExpressionView
• FlowRepositoryR
• genoset
• HCABrowser
• HCAExplorer
• HCAMatrixBrowser
• Imetagene
• mdgsa
• metagenomeFeatures
• methyAnalysis
• MSEADbi
• OutlierD
• pcot2
• PCpheno
• Polyfit
• 帖子
• RchyOptimyx
• RDAVIDWebService
• RNAither
• RNAprobR
• rnaSeqMap
• SAGx
• samExploreR
• seqplots
• simulatorZ
• SSPA
• ToPASeq
• XBSeq
• yaqcaffy

实验数据包:

• ceu1kg
• ceu1kgv
• ceuhm3
• cgdv17
• dsQTL
• facsDorit
• gskb
• hmyriB36
• JctSeqData
• MAQCsubsetAFX
• yri1kgv

工作流软件包:

• eQTL

注释数据包:

• 所有12 LRBase.XXX.eg。db包(AHLRBaseDbs取代)
• 所有73 MeSH.XXX.eg。db包(AHMeSHDbs取代)
• MafDb.gnomAD.r3.0.GRCh38
• MafH5.gnomAD.r3.0.GRCh38
• greengenes13.5MgDb
• ribosomaldatabaseproject11.5MgDb
• silva128.1MgDb

包删除Bioconductor 3.13版本

软件包:

• 适应
• ArrayTV
• BioSeqClass
• 负责
• CNVtools
• CorMut
• DESeq(见替代DESeq2)
• 嵌合体
• explorase
• flowFit
• flowSpy
• flowType
• focalCall
• FourCSeq
• FunciSNP
• GenRank
• GeneticsDesign
• GGBase
• GGtools
• GOFunction
• gQTLBase
• gQTLstats
• hicrep
• ImpulseDE
• ImpulseDE2
• joda
• JunctionSeq
• 林肯
• Logolas
• mcaGUI
• metaArray
• metaseqR(见替代metaseqR2)
• methVisual
• methyvim
• Mirsynergy
• MmPalateMiRNA
• 遐(见替代MOFA2)
• MotIV
• NarrowPeaks
• netbenchmark
• netReg
• OGSA
• OmicsMarkeR
• pathprint
• PathwaySplice
• PGA
• PGSEA
• 赢钱
• 普拉达
• 奖
• Rariant
• 犹太人的尊称
• Roleswitch
• rTANDEM
• sapFinder
• scsR
• shinyTANDEM
• sigaR
• 印
• simpleaffy
• spotSegmentation
• 斯塔尔
• SVAPLSseq
• TxRegInfra
• xps

实验数据包:

• flowFitExampleData
• FunciSNP.data
• geuvPack
• geuvStore2
• GGdata
• mitoODEdata
• Mulder2012
• methyvimData
• pathprintGEOData
• pcaGoPromoter.Hs.hg19
• pcaGoPromoter.Mm.mm9
• pcaGoPromoter.Rn.rn4
• waveTilingData
• yriMulti

包删除Bioconductor 3.12版本

软件包:

• 限定符
• motifRG
• triform
• CVE
• proteoQC
• affypdnn
• splicegear
• Genominator
• IdMappingAnalysis
• IdMappingRetrieval
• 外套
• RefNet
• AnalysisPageServer
• scfind
• kimod
• plw
• cobindR
• LMGene
• sRAP
• gCMAP
• gCMAPWeb
• DChIPRep
• CTDquerier
• MTseeker
• readat
• anamiR
• CALIB
• cellGrowth
• chroGPS
• DEDS
• LVSmiRNA
• MCRestimate
• nem
• 爸爸
• pcaGoPromoter
• 一品脱的量
• RIPSeeker
• 圣诞老人
• waveTiling
• BayesPeak
• bgafun
• 哈哈
• M3D
• MergeMaid
• IPPD
• biosvd
• birta
• DupChecker
• 有限元法
• geecc
• MaxContrastProjection
• mitoODE
• 拖把
• PowerExplorer
• 维加

实验数据包:

• MTseekerData
• RIPSeekerData

注释数据包:

• hom.At.inp.db
• hom.Ce.inp.db
• hom.Dm.inp.db
• hom.Dr.inp.db
• hom.Hs.inp.db
• hom.Mm.inp.db
• hom.Rn.inp.db
• hom.Sc.inp.db
• KEGG.db(用KEGGREST代替)
• MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.hs37d5
• MafDb.EXP6500SI.V2.SSA137.GRCh38

包删除Bioconductor 3.11版本

软件包:

• SNPchip
• GenomeGraphs
• HTSanalyzeR
• Rchemcpp
• 魅力
• Pbase
• dSimer
• 啪嗒啪嗒地响
• exomePeak
• CNPBayes
• brainImageR
• plateCore
• rHVDM
• 国家环保总局
• condcomp
• birte
• mlm4omics
• RnaSeqSampleSize
• CAMTHC(重命名debCAM)

实验数据包:

• charmData
• facopy.annot
• allenpvc

注释数据包:

• MafDb.gnomADex.r2.0.1.GRCh38(换成MafDb.gnomADex.r2.1.GRCh38)
• MafDb.gnomAD.r2.0.1.GRCh38(取代witht MafDb.gnomAD.r2.1.GRCh38)
• MafDb.gnomADex.r2.0.1.hs37d5(换成MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5)
• MafDb.gnomAD.r2.0.1.hs37d5(换成MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5)
• MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.hs37d5
• MafDb.EXP6500SI.V2.SSA137.GRCh38

包删除Bioconductor 3.10版本

软件包:

• flowQ
• flowQB
• ProCoNA
• htSeqTools
• rMAT
• TSSi
• NGScopy
• spliceSites
• SVM2CRM
• rSFFreader
• DOQTL
• miRsponge(重命名miRspongeR)

实验数据包:

• PGPC
• flowQBData

包删除Bioconductor 3.9版本

软件包:

• ampliQueso
• BiocInstaller(由BiocManager取代)
• cytofkit
• facopy
• 加乌乔人
• GeneSelector
• GoogleGenomics
• IrisSpatialFeatures
• mQTL.NMR
• 推动
• pbcmc
• prot2D
• RamiGO

实验数据包:

• iontreeData
• MSBdata(重命名MSMB)

包删除Bioconductor 3.8版本

软件包:

• BrowserVizDemo
• DASC
• mvGST
• ontoCAT
• OperaMate
• PAnnBuilder
• phenoDist
• 连接工具

实验数据包:

• cheung2010
• MEALData
• RnaSeqTutorial

包删除Bioconductor 3.7版本

软件包:

• BioMedR
• ddgraph
• domainsignatures
• EWCE
• HCsnip
• oneChannelGUI
• stepwiseCM
• iontree
• RCytoscape

注释数据包:

• IlluminaHumanMethylation450k.db

包删除Bioconductor 3.6版本

软件包:

• AtlasRDF
• CopyNumber450k
• coRNAi
• GENE.E
• GEOsearch
• MeSHEim
• mmnet