这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见变体.
Bioconductor版本:3.9
读写VCF文件。识别变异的结构位置,计算非同义变异的氨基酸编码变化。使用SIFT和PolyPhen数据库包预测氨基酸编码变化的后果
作者:Bioconductor Package Maintainer [cre]
维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>
引文(从R内,输入引用(“变异”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" versions ")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“变异”)
超文本标记语言 | R脚本 | 注释基因组变异 |
biocViews | AnnotationWorkflow,ImmunoOncologyWorkflow,工作流 |
版本 | 1.8.0 |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 3.3.0),VariantAnnotation,cgdv17,org.Hs.eg.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131 |
进口 | |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown,BiocStyle |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | //www.anjoumacpherson.com/help/workflows/variants/ |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | variants_1.8.0.tar.gz |
Windows二进制 | |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | |
源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/variants |
源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ variables |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/variants/ |
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