Simplesinglecell
doi：10.18129/b9.bioc.simplesinglecell
该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅Simplesinglecell。
分步工作流，用于使用生物导体对单细胞RNA-seq数据进行低水平分析
生物导体版本：3.9
该工作流使用SCRAN，SCOTATER和其他生物导体包进行了SCRNA-SEQ数据的低级分析管道。它描述了如何对库进行质量控制，细胞特异性偏差的归一化，基本数据探索，细胞周期阶段识别，双线检测和批处理校正。还显示了检测高度可变基因，显着相关基因和亚群特异性标记基因的程序。这些分析在包括SMART-SEQ2和10X基因组学包括的各种协议中的公开可用的SCRNA-SEQ数据集上证明了这些分析。
作者：Aaron Lun [AUT，CRE]，Davis McCarthy [AUT]，John Marioni [AUT]
维护者：aaron lun
引用（从r内，输入引用（“ simplesinglecell”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ simplesinglecell”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ simplesinglecell”）
| html | R脚本 | 01.简介 |
| html | R脚本 | 02.读取计数数据 |
| html | R脚本 | 03. UMI计数数据 |
| html | R脚本 | 04.基于液滴的数据 |
| html | R脚本 | 05.纠正批处理效果 |
| html | R脚本 | 06.质量控制详细信息 |
| html | R脚本 | 07.尖峰归一化 |
| html | R脚本 | 08.检测双重球 |
| html | R脚本 | 09.高级方差建模 |
| html | R脚本 | 10.检测差分表达 |
| html | R脚本 | 11.大数据的可伸缩性 |
| html | R脚本 | 12.进一步的分析策略 |
细节
| 生物浏览 | Immunooncologyworkflow，，，，SingleCellworkFlow，，，，工作流程 |
| 版本 | 1.8.0 |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | |
| 进口 | 生物使用，，，，callr，，，，rmarkDown |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，readxl，，，，r.utils，，，，矩阵，，，，Singlecellexperiment，，，，评分，，，，斯克兰，，，，液滴，，，，org.hs.eg.db，，，，org.mm.eg.db，，，，ensdb.hsapiens.v86，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm10.ensgene，，，，DynamiCtreCut，，，，簇，，，，Igraph，，，，RTSNE，，，，pheatmap，，，，林玛，，，，EDGER，，，，生物比较，，，，Biocfilecache，，，，生物脑，，，，生物兴奋，，，，Batchelor，，，，scrnaseq，，，，tenxbraindata |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | //www.anjoumacpherson.com/help/workflows/simplesinglecell/ |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | simplesinglecell_1.8.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/simplesinglecell |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/simplesinglecell |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/simplesinglecell/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
