该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅Simplesinglecell。
生物导体版本:3.9
该工作流使用SCRAN,SCOTATER和其他生物导体包进行了SCRNA-SEQ数据的低级分析管道。它描述了如何对库进行质量控制,细胞特异性偏差的归一化,基本数据探索,细胞周期阶段识别,双线检测和批处理校正。还显示了检测高度可变基因,显着相关基因和亚群特异性标记基因的程序。这些分析在包括SMART-SEQ2和10X基因组学包括的各种协议中的公开可用的SCRNA-SEQ数据集上证明了这些分析。
作者:Aaron Lun [AUT,CRE],Davis McCarthy [AUT],John Marioni [AUT]
维护者:aaron lun
引用(从r内,输入引用(“ simplesinglecell”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ simplesinglecell”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
browsevignettes(“ simplesinglecell”)
html | R脚本 | 01.简介 |
html | R脚本 | 02.读取计数数据 |
html | R脚本 | 03. UMI计数数据 |
html | R脚本 | 04.基于液滴的数据 |
html | R脚本 | 05.纠正批处理效果 |
html | R脚本 | 06.质量控制详细信息 |
html | R脚本 | 07.尖峰归一化 |
html | R脚本 | 08.检测双重球 |
html | R脚本 | 09.高级方差建模 |
html | R脚本 | 10.检测差分表达 |
html | R脚本 | 11.大数据的可伸缩性 |
html | R脚本 | 12.进一步的分析策略 |
生物浏览 | Immunooncologyworkflow,,,,SingleCellworkFlow,,,,工作流程 |
版本 | 1.8.0 |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | |
进口 | 生物使用,,,,callr,,,,rmarkDown |
链接 | |
建议 | 尼特,,,,readxl,,,,r.utils,,,,矩阵,,,,Singlecellexperiment,,,,评分,,,,斯克兰,,,,液滴,,,,org.hs.eg.db,,,,org.mm.eg.db,,,,ensdb.hsapiens.v86,,,,txdb.mmusculus.ucsc.mm10.ensgene,,,,DynamiCtreCut,,,,簇,,,,Igraph,,,,RTSNE,,,,pheatmap,,,,林玛,,,,EDGER,,,,生物比较,,,,Biocfilecache,,,,生物脑,,,,生物兴奋,,,,Batchelor,,,,scrnaseq,,,,tenxbraindata |
系统要求 | |
增强 | |
URL | //www.anjoumacpherson.com/help/workflows/simplesinglecell/ |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | simplesinglecell_1.8.0.tar.gz |
Windows二进制 | |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/simplesinglecell |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/simplesinglecell |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/simplesinglecell/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |