测序

DOI:10.18129 / B9.bioc.sequencing

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见测序

序列数据生物导体简介

Bioconductor版本:3.9

Bioconductor能够分析和理解高通量的基因组数据。我们有大量的软件包,允许对大数据进行严格的统计分析,同时牢记技术工件。Bioconductor帮助用户将分析结果置于生物学环境中,并提供丰富的可视化机会。再现性是生物导体分析的一个重要目标。例如,使用Bioconductor可以进行不同类型的分析;测序:RNASeq、ChIPSeq、变体、拷贝数等;微阵列:表达、SNP等;领域特异性分析:流式细胞术、蛋白质组学等。对于这些分析,通常会导入并使用各种与序列相关的文件类型,包括fasta、fastq、BAM、gtf、bed和wig文件等等。Bioconductor软件包支持导入、常见和高级序列操作,如修整、转换和校准,包括质量评估。

作者:Sonali Arora [aut], Martin Morgan [aut], Bioconductor Package Maintainer [cre]

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

引文(从R内,输入引用(测序)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("sequencing")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(测序)

超文本标记语言 R脚本 序列数据生物导体简介

细节

biocViews BasicWorkflowImmunoOncologyWorkflow工作流
版本 1.8.0
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.3.0),GenomicRangesGenomicAlignmentsBiostringsRsamtoolsShortReadBiocParallelrtracklayerVariantAnnotationAnnotationHubBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14
进口
链接
建议 knitrrmarkdownBiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL //www.anjoumacpherson.com/help/workflows/sequencing/
全靠我
进口我
建议我
链接到我

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 sequencing_1.8.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sequencing
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/sequencing
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/sequencing/
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