rnaseqgene
doi：10.18129/b9.bioc.rnaseqgene
该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅rnaseqgene。
RNA-Seq工作流程：基因级探索性分析和差异表达
生物导体版本：3.9
在这里，我们使用生物导体包装浏览端到端基因级RNA-Seq差异表达工作流程。我们将从FASTQ文件开始，显示它们如何与参考基因组保持一致，并准备一个计数矩阵，该矩阵为每个样品中每个基因中的RNA-Seq读取/片段数量均为。我们将进行探索性数据分析（EDA）进行质量评估，并探索样品之间的关系，进行差异基因表达分析并在视觉上探索结果。
作者：迈克尔·洛夫[AUT，CRE]
维护者：迈克尔·洛夫（Michael Love）
引用（从r内，输入引用（“ rnaseqgene”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ rnaseqgene”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ rnaseqgene”）
| html | R脚本 | 基因水平的RNA-seq工作流 |
细节
| 生物浏览 | geneexpressionworkflow，，，，Immunooncologyworkflow，，，，工作流程 |
| 版本 | 1.8.0 |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | r（> = 3.3.0），生物使用，，，，呼吸道，，，，rsamtools，，，，GenomicFeatures，，，，基因组签名，，，，生物比较，，，，马格里特，，，，deseq2，，，，apeglm，，，，VSN，，，，dplyr，，，，GGPLOT2，，，，pheatmap，，，，rcolorbrewer，，，，poiclaclu，，，，ggbeeswarm，，，，GeneFilter，，，，AnnotationDbi，，，，org.hs.eg.db，，，，报告工具，，，，GVIZ，，，，SVA，，，，Ruvseq，，，，裂变 |
| 进口 | |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，rmarkDown |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/mikelove/rnaseqgene/ |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | rnaseqgene_1.8.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rnaseqgene |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/rnaseqgene |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/rnaseqgene/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
