generegulation

DOI:10.18129 / B9.bioc.generegulation

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅generegulation。

寻找候选人通过序列匹配为已知的转录因子结合位点

Bioconductor版本:3.9

转录因子的结合蛋白(TFs)转录起始点的DNA基因上游启动子区域(tss)是最重要的一个机制的基因表达,因此许多细胞过程的控制。尽管近年来许多新种类的数据成为可识别转录因子结合位点(TFBSs)——其中ChIP-seq DNase我敏感地区序列匹配继续发挥重要作用。在这个流程我们演示Bioconductor技术寻找候选人TF结合位点在DNA序列使用模型生物酿酒酵母。这里展示的方法同样适用于其他生物。

作者:Bioconductor包维护者(aut (cre)

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“generegulation”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“generegulation”)

HTML

R脚本

寻找候选人通过序列匹配为已知的转录因子结合位点

细节

biocViews	EpigeneticsWorkflow,工作流
版本	1.8.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3.0),BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3,Biostrings,GenomicFeatures,MotifDb,S4Vectors,TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer3.sgdGene,motifStack,org.Sc.sgd.db,seqLogo
进口
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/help/workflows/generegulation/
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	generegulation_1.8.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/generegulation
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ generegulation
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/generegulation/
包下载报告	下载数据