这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见注释.
Bioconductor版本:3.9
注释资源在Bioconductor项目中占很大比例。此外,还有各种各样的在线资源可供使用,这些资源可以使用特定的软件包访问。本演练将描述这些资源中最流行的,并给出一些关于如何使用它们的高级示例。
作者:Marc RJ Carlson [aut], Herve Pages [aut], Sonali Arora [aut], Valerie Obenchain [aut], Martin Morgan [aut], Bioconductor Package Maintainer [cre]
维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>
引文(从R内,输入引用(“注释”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("annotation")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“注释”)
超文本标记语言 | R脚本 | 注释基因组范围 |
超文本标记语言 | R脚本 | 基因组注释资源 |
biocViews | AnnotationWorkflow,工作流 |
版本 | 1.8.1 |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 3.3.0),VariantAnnotation,AnnotationHub,Organism.dplyr,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,Homo.sapiens,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,biomaRt,BSgenome,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart22 |
进口 | |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown,BiocStyle |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | //www.anjoumacpherson.com/help/workflows/annotation/Annotation_Resources/ |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | annotation_1.8.1.tar.gz |
Windows二进制 | |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | |
源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/annotation |
源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/annotation |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/annotation/ |
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