SingscoreAMLMutations

DOI:10.18129 / B9.bioc.SingscoreAMLMutations

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SingscoreAMLMutations。

利用转录组singscore预测突变AML签名

Bioconductor版本:3.9

这个工作流包显示转录组签名可以用来推断表型。工作流开始通过展示TCGA AML转录组数据可以下载并使用TCGAbiolinks包处理。然后,它显示了如何使用singscore样本可以得分从MSigDB包和签名。最后,分数的预测能力预测一个特定的上下文中AML的突变。工作流展品Bioconductor包实现基因簇的相互作用水平分析。

作者:Dharmesh d Bhuva (aut (cre),Momeneh Foroutan (aut),易谢(aut),Ruqian律(aut),约瑟夫Cursons (aut)梅丽莎·j·戴维斯(aut)

维护人员:Dharmesh d Bhuva < Bhuva。d wehi.edu.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SingscoreAMLMutations”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SingscoreAMLMutations”)

HTML	R脚本	利用转录组singscore预测突变AML签名
HTML	R脚本	利用转录组singscore预测突变AML签名(中文版本)
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow,GenomicVariantsWorkflow,ImmunoOncologyWorkflow,工作流
版本	1.0.1
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	dcanr,刨边机,ggplot2,gridExtra,GSEABase,org.Hs.eg.db,plyr,reshape2,rtracklayer,singscore,SummarizedExperiment,TCGAbiolinks
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,BiocWorkflowTools,拼写
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/DavisLaboratory/SingscoreAMLMutations
BugReports	https://github.com/DavisLaboratory/SingscoreAMLMutations/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SingscoreAMLMutations_1.0.1.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SingscoreAMLMutations
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SingscoreAMLMutations
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SingscoreAMLMutations/
包下载报告	下载数据