RnaSeqGeneEdgeRQL

DOI:10.18129 / B9.bioc.RnaSeqGeneEdgeRQL

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅RnaSeqGeneEdgeRQL。

能够使用Rsubread RNA-seq微分表达式和路径分析和磨边机quasi-likelihood管道

Bioconductor版本:3.9

通过其装饰图案,这种工作流包提供了一个完整的案例研究分析一个RNA-Seq实验使用Rsubread和磨边机包。工作流从读数据校准和继续探索,微分表达式,最后,途径分析。分析包括出版质量的阴谋,和KEGG分析,分析表达式生成的签名之前实验。

作者:陈Yunshun,亚伦Lun,戈登史密斯

维护人员:陈Yunshun <将尝试在wehi.edu.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RnaSeqGeneEdgeRQL”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“RnaSeqGeneEdgeRQL”)

HTML

R脚本

从读到基因通路:微分表达式分析RNA-Seq实验使用Rsubread和磨边机quasi-likelihood管道

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow,ImmunoOncologyWorkflow,工作流
版本	1.8.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3.0),刨边机,gplots,org.Mm.eg.db,GO.db
进口
链接
建议	knitr,knitcitations
SystemRequirements
增强了
URL	http://f1000research.com/articles/5 - 1438
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RnaSeqGeneEdgeRQL_1.8.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RnaSeqGeneEdgeRQL
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RnaSeqGeneEdgeRQL
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RnaSeqGeneEdgeRQL/
包下载报告	下载数据