BgeeCall

DOI:10.18129 / B9.bioc.BgeeCall

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见BgeeCall．

BgeeCall，一个用于自动生成RNA-Seq存在/缺失基因表达调用的R包

Bioconductor版本:3.9

参考基因间区由Bgee RNA-Seq管道生成。这些基因间区域用于生成所有Bgee RNA-Seq存在/缺失表达调用。这个包现在允许使用这些基因间区域和Bgee的专业知识生成你自己的存在/不存在的呼叫，只要你的物种存在于Bgee中。存在/缺失表达的阈值不再是任意定义的，而是基于Bgee中集成的所有RNA-Seq库的表达来计算。

作者:Julien Wollbrett [aut, cre]， Julien Roux [aut]， Sara Fonseca Costa [ctb]， Marc Robinson Rechavi [ctb]， Frederic Bastian [aut]

维护者:Julien Wollbrett < Julien。Wollbrett在l。ch>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("BgeeCall")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BgeeCall”)

超文本标记语言	R脚本	装饰图案的标题
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow，工作流
版本	1.0.1
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6.0)
进口	GenomicFeatures，rhdf5，tximport，Biostrings，rtracklayer，BgeeDB，biomaRt，方法，grDevices，图形，统计，utils
链接
建议	knitr，testthat，rmarkdown，AnnotationHub，httr
SystemRequirements	kallisto
增强了
URL	https://github.com/BgeeDB/BgeeCall
BugReports	https://github.com/BgeeDB/BgeeCall/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BgeeCall_1.0.1.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BgeeCall
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BgeeCall
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BgeeCall/
软件包下载报告	下载数据