chipenrich.data

DOI:10.18129 / B9.bioc.chipenrich.data

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅chipenrich.data。

同伴包chipenrich

Bioconductor版本:3.9

支持数据chipenrich包。包括预定义的基因集,基因位点定义和mappability估计。

作者:瑞安·韦尔奇(aut (cph) Chee李(aut),雷蒙德·g·Cavalcante (aut (cre),劳拉·j·斯科特(黑色),莫林·a .裁缝(黑色)

维护人员:雷蒙德·g·Cavalcante < rcavalca umich.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“chipenrich.data”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“chipenrich.data”)

HTML	R脚本	chipenrich.data
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,表观遗传学,ExperimentData,FunctionalGenomics,GeneSetEnrichment,HistoneModification,回归
版本	2.8.0
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.4.0)
进口	AnnotationDbi,BiocGenerics、方法、GenomicRanges,GenomeInfoDb,IRanges,readr,rtracklayer,S4Vectors,跑龙套
链接
建议	BiocStyle,devtools,knitr,rmarkdown,roxygen2,testthat,GO.db,org.Dm.eg.db,org.Dr.eg.db,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,org.Rn.eg.db,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGene,TxDb.Drerio.UCSC.danRer10.refGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn4.ensGene,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn5.refGene,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn6.refGene
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我	chipenrich
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	chipenrich.data_2.8.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chipenrich.data
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ chipenrich.data
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/chipenrich.data/
包下载报告	下载数据