NestLink

DOI:10.18129 / B9.bioc.NestLink

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见NestLink．

NestLink是一个R数据包，用于指导深入分析结合蛋白集成的工程肽条形码

Bioconductor版本:3.9

提供下一代测序(NGS)和质谱(MS)样本数据，代码片段和复制材料用于开发NestLink。NestLink方法是一种蛋白质结合剂选择和鉴定技术，能够一次对数千个文库成员进行生物物理特征，而无需在过程的任何阶段处理单个克隆。数据在苏黎世功能基因组学中心的NGS和MS平台上获得。

作者:Pascal Egloff [aut]， Iwan Zimmermann [ctb]，法比安·m·阿诺德[ctb]，塞德里克·a·j·赫特[ctb]，伦纳特·奥皮茨[au]，露西·波维达[ctb]， Hans-Anton Keserue [ctb]， Christian Panse [aut, cre]， Bernd Roschitzki [au]，马库斯·西格尔[au]

维护者:Christian Panse

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“NestLink”)

超文本标记语言	R脚本	0.模拟flycode属性。
超文本标记语言	R脚本	1.通过NGS滤波链接高质量的flycode和纳米体序列。
超文本标记语言	R脚本	2.利用ESP和SSRC预测分析飞码可检测性
超文本标记语言	R脚本	3.用F255744比较预测的和观察到的蝇码疏水性值。
超文本标记语言	R脚本	4.通过对照实验评估通过flycodes (NMETH-A35040 supppl)进行蛋白质检测的鲁棒性。1)指出。
超文本标记语言	R脚本	5.使数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData，ExperimentHub，MassSpectrometryData，ReproducibleResearch，SequencingData
版本	1.0.0
许可证	GPL
取决于	R (>= 3.6)，AnnotationHub(> = 2.15.3),ExperimentHub(> = 0.99.6),Biostrings(> = 2.51.1),gplots(> = 3.0.0),protViz(> = 0.4.0),ShortRead(> = 1.41.0)
进口	grDevices，图形，统计，utils
链接
建议	BiocStyle(> = 2.2.0),DT，ggplot2，knitr，rmarkdown，testthat，specL，晶格，尺度
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	NestLink_1.0.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NestLink
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/NestLink
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NestLink/
软件包下载报告	下载数据