这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅FlowSorted.Blood.EPIC。
Bioconductor版本:3.9
原始数据对象用于血细胞比例估计minfi和类似的包。FlowSorted.Blood。史诗对象位于样品化验布鲁克克里斯腾森和他的同事;详细信息请参阅萨拉斯et al . 2018。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE110554。
aut作者:卢卡斯·a·萨拉斯(cre),德文·c·凯斯特勒(aut) Rondi a·巴特勒(施),海伦·m·汉森(施),约翰·k·Wiencke[所有],卡尔·t·凯尔西(施),布洛克c·克里斯滕森(施),Kasper丹尼尔·汉森(施)(作者和维护者的原始minfi estimateCellCounts和内部函数),让-菲利普•福丁(施)(贡献者在原始minfi estimateCellCounts和内部函数),山诉安德鲁斯(施)(贡献者在原始minfi estimateCellCounts和内部函数),E·安德烈斯豪斯曼(施)(作者最初的二次规划函数用于细胞投影),E安德鲁•贾菲(施)(作者原estimateCellCounts和内部功能minfi)
维护人员:卢卡斯·a·萨拉斯< lucas.a.salas。迪亚兹在dartmouth.edu >
从内部引用(R,回车引用(“FlowSorted.Blood.EPIC”)
):
安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“FlowSorted.Blood.EPIC”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“FlowSorted.Blood.EPIC”)
HTML | R脚本 | FlowSorted.Blood.EPIC |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | ExperimentData,基因组,Homo_sapiens_Data,MethylationArrayData,MicroarrayData,组织,TissueMicroarrayData |
版本 | 1.2.0 |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (> = 3.5),minfi(> = 1.21.2),SummarizedExperiment,genefilter,quadprog,nlme,S4Vectors、图表、数据、跑龙套,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19,ExperimentHub |
进口 | |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown,EpiDISH,FlowSorted.Blood.450k(> = 1.0.1),FlowSorted.CordBlood.450k,FlowSorted.CordBloodNorway.450k,testthat,IlluminaHumanMethylation450kmanifest(> = 0.2.0),IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19(> = 0.2.1),IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/immunomethylomics/FlowSorted.Blood.EPIC |
BugReports | https://github.com/immunomethylomics/FlowSorted.Blood.EPIC/issues。 |
取决于我 | FlowSorted.CordBloodCombined.450k |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | FlowSorted.Blood.EPIC_1.2.0.tar.gz |
Windows二进制 | |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FlowSorted.Blood.EPIC |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ FlowSorted.Blood.EPIC |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/FlowSorted.Blood.EPIC/ |
包下载报告 | 下载数据 |