SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38

DOI:10.18129 / B9.bioc.SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38．

智人的SNP位点(dbSNP Build 149)

Bioconductor版本:3.9

NCBI dbSNP Build 149提取的智人SNP位点及等位基因。用于此包的源数据文件由NCBI于2016年11月8日至12日创建，包含映射到参考基因组GRCh38的snp。p7 (GRCh38的补丁版本，不改变染色体1-22,X, Y, MT)。注意，这些snp可以被“注入”到BSgenome.Hsapiens.NCBI中。GRCh38或bsgenome . hspiens . ucsc .hg38。

作者:Hervé Pagès

维护人员:H. Pagès

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	AnnotationData，遗传学，Homo_sapiens，SNPlocs
版本	0.99.20
许可证	艺术- 2.0
取决于	BSgenome(> = 1.43.4)
进口	方法,跑龙套,BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，GenomeInfoDb，GenomicRanges，BSgenome
链接
建议	Biostrings，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	MafDb.1Kgenomes.phase1.GRCh38，MafDb.1Kgenomes.phase3.GRCh38，MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.GRCh38，MafDb.ExAC.r1.0.GRCh38，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.GRCh38，MafDb.gnomAD.r2.0.1.GRCh38，MafDb.gnomAD.r2.1.GRCh38，MafDb.gnomADex.r2.0.1.GRCh38，MafDb.gnomADex.r2.1.GRCh38，MafDb.TOPMed.freeze5.hg38
链接到我

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38_0.99.20.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38/
软件包下载报告	下载数据