SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37

DOI:10.18129 / B9.bioc.SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37．

智人的SNP位点(dbSNP Build 142)

Bioconductor版本:3.9

NCBI dbSNP Build 142提取的智人SNP位点及等位基因用于此包的源数据文件由NCBI于2014年10月14日创建，包含映射到参考基因组GRCh37.p13的snp。警告:请注意，GRCh37。p13基因组是GRCh37的补丁版本，但补丁不会改变染色体1-22,X, Y, MT。GRCh37本身与UCSC的hg19基因组*相同*除了线粒体染色体。因此，该包中的snp可以被“注入”到bsgenome . hspiens . ucsc中。hg19，它们将降落在正确的位置，但这种注入将排除chrM(即没有任何东西将以该顺序注入)。

作者:Herv\'e Pag\ ' es

维护者:Simon Coetzee < Simon。Coetzee在cshs.org>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	AnnotationData，遗传学，Homo_sapiens
版本	0.99.5
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 2.10)，IRanges，GenomeInfoDb，GenomicRanges，BSgenome(> = 1.25.6)
进口	方法,跑龙套,IRanges，GenomeInfoDb，GenomicRanges，BSgenome
链接
建议	Biostrings，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked(> = 1.3.19)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	motifbreakR
链接到我

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37_0.99.5.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37/
软件包下载报告	下载数据