SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608

DOI:10.18129 / B9.bioc.SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608

这个包是弃用。它可能会从Bioconductor删除。请参考包临终的指导方针为更多的信息。

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608。

SNP地点智人(dbSNP构建137)

Bioconductor版本:3.9

SNP等位基因位置和智人从NCBI dbSNP建造137。源数据文件用于这个包是由NCBI 6月7 - 8日,2012年,包含snp GRCh37.p5映射到参考基因组。警告:请注意,GRCh37。p5基因组的补丁版本GRCh37但补丁并不改变染色体22页,X, Y,太GRCh37本身是一样的hg19从UCSC基因组* *除了线粒体染色体。因此,单核苷酸多态性在这个包可以在BSgenome.Hsapiens.UCSC“注入”。hg19在正确的位置,他们将土地但这注入排除chrM(即序列将被注入无关)。重要提示:这个包是弃用。请使用SNPlocs数据包根据最近dbSNP构建相反(例如建立144或149)。你可以叫BSgenome: available.SNPs()从R可用SNPlocs数据包的列表。

作者:Herve页面

维修工:h .页< hpages fhcrc.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	AnnotationData,遗传学,Homo_sapiens
版本	0.99.11
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.10),IRanges,GenomicRanges,BSgenome(> = 1.25.6)
进口	方法,跑龙套,IRanges,GenomicRanges,BSgenome
链接
建议	Biostrings,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 1.3.19)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	motifbreakR
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608_0.99.11.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608/
包下载报告	下载数据