该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅bsgenome.sscrofa.ucsc.susscr3.masked。
生物导体版本:3.9
UCSC(SUSSCR3,2011年8月)提供的SUS SCROFA(PIG)的完整基因组序列,并存储在生物弦对象中。这些序列与bsgenome.sscrofa.ucsc.susscr3中的序列相同,除了每个序列在顶部都有4个接下来的掩码:(1)组装间隙的掩码(agaps mask)(agaps mask),(2)内部内部的掩模。歧义(Ambmask),(3)RepotMasker(RM Mask)的重复掩码,以及(4)串联重复搜索器(TRF蒙版)的重复掩码。默认情况下,只有agaps和amb掩模是“活动”的。
作者:生物导体开发团队
维护者:bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>
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要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ bsgenome.sscrofa.ucsc.susscr.susscr3.masked”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
参考手册 |
生物浏览 | AnnotationData,,,,BSGENOME,,,,遗传学,,,,SUS_SCROFA |
版本 | 1.3.99 |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | BSGENOME(> = 1.31.11),BSGENOME.SSCROFA.UCSC.SUSSCR3 |
进口 | BSGENOME,,,,BSGENOME.SSCROFA.UCSC.SUSSCR3 |
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源包 | bsgenome.sscrofa.ucsc.susscr3.masked_1.3.99.tar.gz |
Windows二进制 | |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/bsgenome.sscrofa.ucsc.susscr3.masked/ |
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