### R代码从vignette源的sscore。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:sscore。Rnw: 71 - 74 ################################################### 库(sscore)选项(宽度= 60)库(affydata ) ################################################### ### 代码块2号:sscore。Rnw: 97 - 104 ################################################### 数据(稀释)# #获得数据的示例# #包的路径目录路径名< -执行(“医生”,包=“sscore”)玻璃纸< -稀释(c(1、3))# # sscore只需要第一个2样品/条件。basic <- SScore(cel,celfile. SScore)路径=路径名,科幻小说= c (4.46, 5.72), SDT = c (57.241, 63.581), rm.extra = FALSE ) ################################################### ### 代码块3号:sscore。Rnw: 109 - 110 ################################################### exprs (SScore.basic) [1:20 ] ################################################### ### 代码块数量4:sscore。Rnw: 216 - 217 ################################################### 标签< - c (0, 0, 0, 1, 1, 1 ) ################################################### ### 代码块5号:sscore。Rnw: 227 - 233 ################################################### 数据(稀释)路径名< -执行(“医生”,包=“sscore”)玻璃纸< -稀释sscore。多< - SScore(玻璃纸,classlabel = c(0, 0, 1, 1),科幻小说= c (4.46, 6.32, 5.72, 9.22), SDT = c (57.241, 53.995, 63.581, 69.636), celfile.path =路径名,rm.extra = FALSE ) ################################################### ### 代码块6号:sscore。Rnw: 238 - 239 ################################################### exprs (SScore.multi) [1:20 ] ################################################### ### 代码块7号:sscore。Rnw: 285 - 291 ################################################### 数据(稀释)路径名< -执行(“医生”,包=“sscore”)比较< -矩阵(c(1、2、1,3,4),ncol = 2, byrow = TRUE) SScoreBatch。基本的< - SScoreBatch(比较=比较稀释,科幻小说= c (4.46, 6.32, 5.72, 9.22), SDT = c (57.241, 53.995, 63.58,169.636), celfile.path =路径名,rm.extra = FALSE ) ################################################### ### 代码块8号:sscore。Rnw: 296 - 297 ################################################### exprs (SScoreBatch.basic) [1:10 ,] ################################################### ### 代码块9号:sscore。Rnw: 331 - 334 ################################################### sscores < - exprs (SScore.basic) # # # #提取S-Score值找到那些大于3 SD signif < - geneNames(稀释)[abs (sscores) > = 3 ] ################################################### ### 代码块10号:sscore。Rnw: 339 - 344 ################################################### sscores < - exprs (SScore.basic) # #提取p.values S-Score值。1 <- 1 - pnorm(abs(sscores)) ##查找对应的##单边p值p.values。2 <- 2*(1 - pnorm(abs(sscores))) ##查找对应的##双面p值