### R代码从vignette源的pcaGoPromoter。Rnw“# # #编码:utf - 8 ################################################### ### 代码块1号:设置 ################################################### 选项(宽度= 80,数字= 6 ) ################################################### ### 代码块2号:bioC (eval = FALSE ) ################################################### ## 如果(!requireNamespace(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) # # install.packages(“BiocManager”)# # BiocManager::安装(“pcaGoPromoter”,依赖= TRUE ) ################################################### ### 代码块3号:libPcaGoPromoter (eval = FALSE ) ################################################### ## 图书馆(“pcaGoPromoter ") ################################################### ### 代码块4号:libSerumStimulation (eval = FALSE ) ################################################### ## 库(serumStimulation) # #数据(serumStimulation ) ################################################### ### 代码块5号:组(eval = FALSE ) ################################################### ## 组< -。因子(c(代表(“控制”,5),代表(“serumInhib”,5),# #代表(“serumOnly”,3)))# #组 ################################################### ### 代码块6号:图一(eval = FALSE ) ################################################### ## pcaInfoPlot (eData = serumStimulation组=组 ) ################################################### ### 代码块7号:pca (eval = FALSE ) ################################################### ## pcaOutput < - pca (serumStimulation ) ################################################### ### 代码块8号:图(eval = FALSE ) ################################################### ## 情节(pcaOutput组=组 ) ################################################### ### 代码块9号:probeIds (eval = FALSE ) ################################################### ## loadsNegPC2 < - getRankedProbeIds (pcaOutput pc = 2,减少= FALSE) [1:1365 ] ################################################### ### 代码块10号:GOtree (eval = FALSE ) ################################################### ## GOtreeOutput < - GOtree(输入= loadsNegPC2 ) ################################################### ### 代码块11号:如果(eval = FALSE ) ################################################### ## 情节(GOtreeOutput legendPosition = " bottomright ") ################################################### ### 代码块12号:copyToPdf (eval = FALSE ) ################################################### ## dev.copy2pdf(文件= " GOtree.pdf ") ################################################### ### 代码块13号:printGOtree (eval = FALSE ) ################################################### ## 头(GOtreeOutput sigGOs美元,n = 10 ) ################################################### ### 代码块14号:printPrimo (eval = FALSE ) ################################################### ## 初TFtable < - (loadsNegPC2) # # (TFtable过多美元 ) ################################################### ### 代码块数量15:printPrimeHits (eval = FALSE ) ################################################### ## probeIds < - primoHits (loadsNegPC2, id = 9343) # #头(probeIds)