1如何编写一个csv浇注模板吗

的openCyto包是使用电子表格组成控制方案。基本上每一行对应一个人口控制层次结构树中的节点。然而有时详细描述每一个人口。我们将解释如何使模板更简洁更容易组合使用流行和别名模式。

1.1流行= " + / - "

1 d和2 d的控制函数,我们通常兴趣积极的(表示细胞内门事件)或负面(或否定,表示电池门之外的事件)的设置流行列的形式+或- - - - - -。但有时我们想做的下游闸门。通过指定流行作为+ / -,模板解析器内部将扩大成两行。

例如,这一行将被自动扩展

别名 流行 父 会变暗 gating_method gating_args
* + / - cd3 cd4 mindensity

两行:

别名 流行 父 会变暗 gating_method gating_args
cd4 + + cd3 cd4 mindensity
cd4 - - - - - - - cd3 cd4 refGate cd3、cd4 +

注意,第二行用途refGate简单复制门坐标计算mindensity在第一行,分配的负号流行列表示感兴趣的人群cd4 -。

1.2流行= " + + "

通常我们需要应用1 d控制函数分别在两个维度,然后使用两个构造切割点rectangleGate捕获的细胞事件落入一个象限二维预测为例,辅助T细胞通常表示为CD4 + CD8 -。而不是写三行模板,简单使用+ +模式流行列。
如

别名 流行 父 会变暗 gating_method gating_args
辅助T + - cd3 cd4, cd8 mindensity

和模板解析器将自动照顾扩张。

别名 流行 父 会变暗 gating_method gating_args
cd4 + + cd3 cd4 mindensity
cd8 + + cd3 cd8 mindensity
辅助T + - cd3 cd4, cd8 refGate cd3、cd4 +: cd3 / cd8 +

正如我们看到的,实际控制的前两行mindensity和第三行只是利用这两个1 d盖茨的坐标(cd4 +和cd8 +)和构造一个rectangleGate(辅助T)通过使用refGate作为gating_method。和+和- - - - - -随着维度确定哪些象限保持迹象。

1.3流行= " + / - + / - "

显然,我们可能想要不止一个象限通过使用相同的机制。例如,我们可以设置流行来+ / - + / -保持所有的四个象限。

别名 流行 父 会变暗 gating_method gating_args
* + / - + / - cd3 cd4, cd8 mindensity

它将扩展到六行:

别名 流行 父 会变暗 gating_method gating_args
cd4 + + cd3 cd4 mindensity
cd8 + + cd3 cd8 mindensity
cd4 + cd8 + + + cd3 cd4, cd8 refGate cd3、cd4 +: cd3 / cd8 +
cd4-cd8 + - - - - - - + cd3 cd4, cd8 refGate cd3、cd4 +: cd3 / cd8 +
cd4 + cd8 - + - cd3 cd4, cd8 refGate cd3、cd4 +: cd3 / cd8 +
cd4-cd8 - - - - - - - cd3 cd4, cd8 refGate cd3、cd4 +: cd3 / cd8 +

前两个是实际的控制,和其他四个使用两个1 d盖茨构造四个不同rectangleGates代表四个不同的象限。

1.4浇注方法,生成多个种群

1.4.1流行= " * "别名= " A, B, C "

到目前为止,我们所讨论的控制函数,只返回一个对象(门S4类扩展flowCore:过滤器)。如果我们想控制函数(如适用。curv2filter或flowClust: tmixFilter),返回多个门,我们可以设置流行来*并指定多个人口名称别名用逗号分隔字符。

别名 流行 父 会变暗 gating_method gating_args
CD4, CD8 * cd3 cd4, cd8 curv2gate

在这里,我们假设curv1gate总是返回两个盖茨的顺序c (cd4, cd8),那么人口名字别名列将匹配这两个和两个门dummy_gate行生成,只作为参考使用
作为父下游节点的大门。

别名 流行 父 会变暗 gating_method gating_args
CD4, CD8 * cd3 cd4, cd8 curv2gate
CD4 cd3 cd4, cd8 dummy_gate cd3、CD4、CD8
CD8 cd3 cd4, cd8 dummy_gate cd3、CD4、CD8

1.4.2流行= " * "别名= " * "

如果我们不知道有多少盖茨将被返回curv2gate或门的顺序是不确定的,因此我们不会能叫出这些数量。只要他们不作为父为进一步控制(即节点。终端门,我们可以简单地设置别名来*。

别名 流行 父 会变暗 gating_method gating_args
* * cd3 cd4, cd8 curv2gate

这也将不会得到扩展openCyto框架。然而,多个种群将生成和添加到GatingSet对象。他们命名的filterId槽的过滤器对象。

1.5单行与多个父母(即。父= " A, B, C ")

如果相同的控制方法(或简单refGate)需要被应用到多个父母,可以写这些单行。例如,

别名 流行 父 会变暗 gating_method gating_args
IL2 + + cd4, cd8 IL2 refGate cd3 / IL2 +

这一行是解释为复制IL2门已经产生cd3人口和应用cd4和cd8,相当于下面的行

别名 流行 父 会变暗 gating_method gating_args
IL2 + + cd4 IL2 refGate cd3 / IL2 +
IL2 + + cd8 IL2 refGate cd3 / IL2 +