### R代码从vignette源代码的arrayMvout。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:dddd ################################################### 图书馆(arrayMvout)数据(maqcQA)毫米= ArrayOutliers (maqcQA[3:11],α= . 01)毫米 ################################################### ### 代码块2号:dde ################################################### 数据(itnQA) 2 = ArrayOutliers (itnQAα= . 01) ################################################### ### 代码块3号:lklk ################################################### 情节(ii,选择= c (1, 3 )) ################################################### ### 代码块4号:doapan (eval = FALSE ) ################################################### ## 库(arrayMvout)图书馆(MAQCsubset) # # # #如果存在(!(“afxsub”))的数据(afxsub) # # sn = sampleNames (afxsub) # #如果(nchar (sn) [1] > 6) {# # sn = substr (sn、3、8)# # sampleNames (afxsub) = sn ## } ################################################### ### 代码块5号:lkda (eval = FALSE ) ################################################### ## opar =持平(no.readonly = TRUE) # # par (mar = c(10、5、5、5),拉斯维加斯= 2)# #箱线图(afxsub主要=“MAQC子集”,# #坳=代表(c(“绿”、“蓝”,“橙色”),c (8 8 8))) # # (opar不相上下 ) ################################################### ### 代码块6号:lkadas (eval = FALSE ) ################################################### ## # afxsubDEG = AffyRNAdeg (afxsub) # # #保存(afxsubDEG、文件=“afxsubDEG.rda”)图书馆(arrayMvout) # # # #数据(afxsubDEG) # # plotAffyRNAdeg (afxsubDEG # #坳=代表(c(“绿色”、“蓝”、“橙色”),c (8 8 8 ))) ################################################### ### 代码块7号:asdad (eval = FALSE ) ################################################### ## # afxsubQC = qc (afxsub) # # #保存(afxsubQC、文件=“afxsubQC.rda”)(afxsubQC) # # # #数据图(afxsubQC ) ################################################### ### 代码块8号:苏丹人民解放运动(eval = FALSE ) ################################################### ## 库(affyPLM) # # #如果(file.exists(“splm.rda”))负载(“splm.rda”)# # #如果存在(! (splm)) splm = fitPLM (afxsub) # # splm = fitPLM (afxsub) # # #保存(splm,文件= " splm.rda ") ################################################### ### 代码块9号:唐(eval = FALSE ) ################################################### ## png(文件= " doim.png”)# # par (mar = c(7、5、5、5),mfrow = c(2, 2),拉斯维加斯= 2)# # NUSE (splm ylim = c (.85, 1.3)) # # RLE (splm) # #图像(splm = 2,类型=“sign.resid”)# #图像(splm = 5, type = " sign.resid ") ################################################### ### 代码块10号:adadadadadad (eval = FALSE ) ################################################### ## dev.off () ################################################### ### 代码块11号:doao (eval = FALSE ) ################################################### ## AO = ArrayOutliers (afxsub,α= 0.05,qcOut = afxsubQC, # # plmOut = splm, degOut = afxsubDEG) # # nrow (AO outl[[” "]]) ################################################### ### 代码块12号: doaaa (eval = FALSE) ################################################### ## AO[[3]][1:2, ] ################################################### ### code chunk number 13: doz (eval = FALSE) ################################################### ## library(mdqc) ## mdq = mdqc( AO[[3]], robust="MVE" ) ## mdq ################################################### ### code chunk number 14: doada (eval = FALSE) ################################################### ## require(mvoutData) ## data(s12c) ################################################### ### code chunk number 15: aaadas (eval = FALSE) ################################################### ## image(s12c[,1]) ################################################### ### code chunk number 16: doaaaasdas (eval = FALSE) ################################################### ## aos12c = ArrayOutliers(s12c, alpha=0.05) ################################################### ### code chunk number 17: lkres (eval = FALSE) ################################################### ## aos12c[[1]] ################################################### ### code chunk number 18: lkaaa (eval = FALSE) ################################################### ## aos12c[[4]] ################################################### ### code chunk number 19: doma (eval = FALSE) ################################################### ## mdqc(aos12c[[3]], robust="MVE") ################################################### ### code chunk number 20: DoSessionInfo ################################################### sessionInfo()