# #——回声= FALSE,结果=“隐藏”,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -要求(knitr)美元opts_chunk组(错误= FALSE,消息= FALSE,警告= FALSE) # # - - - - -设置,呼应= FALSE,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(DropletUtils) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #生成文件。示例(write10xCounts回声= FALSE) dir.name < - tmpdir list.files (dir.name) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -南加州爱迪生公司< - read10xCounts南加州爱迪生公司(dir.name) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -类(计数(sce) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - set.seed (1000) mol.info.file < - DropletUtils::: sim10xMolInfo (tempfile ()) mol.info.file # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - mol.info < - read10xMolInfo (mol.info.file) mol.info # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - set.seed新(100)。计数< - downsampleMatrix(计数(sce),道具= 0.5)图书馆(矩阵)colSums(计数(sce) colSums (new.counts) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - set.seed (100)。抽样< - downsampleReads (mol.info.file,道具= 1)和(no.sampling)。抽样< - downsampleReads (mol.info.file,道具= 0.5)和(with.sampling) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - set.seed(0)我的。计数< - DropletUtils::: simCounts () # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - br。< - barcodeRanks (my.counts) #做一个阴谋。情节(br。美元的地位,br。总美元,日志=“xy”, xlab =“排名”,ylab =“总”)o < -订单(br.out排名美元)行(br。美元地位[o], br。[o],美元=“红色”)abline上校(h =元数据(br.out) $膝盖,坳=“dodgerblue”, lty = 2) abline (h =元数据(br.out) $拐点,坳=“forestgreen”, lty = 2)传说(“bottomleft lty = 2,坳= c (“dodgerblue”、“forestgreen”),传说= c(“膝盖”,“拐点”))# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - set.seed (100) e。< - emptyDrops (my.counts) e。从# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -。细胞< - e。罗斯福< = 0.01美元(求和。细胞,na.rm = TRUE) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -表(有限= e。out$Limited, Significant=is.cell) ## -------------------------------------------------------------------------- plot(e.out$Total, -e.out$LogProb, col=ifelse(is.cell, "red", "black"), xlab="Total UMI count", ylab="-Log Probability") ## -------------------------------------------------------------------------- set.seed(1000) mult.mol.info <- DropletUtils:::sim10xMolInfo(tempfile(), nsamples=3) mult.mol.info ## -------------------------------------------------------------------------- s.out <- swappedDrops(mult.mol.info, min.frac=0.9) length(s.out$cleaned) class(s.out$cleaned[[1]]) ## -------------------------------------------------------------------------- sessionInfo()