zinbwave

DOI:10.18129 / B9.bioc.zinbwave

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅zinbwave。

RNA-Seq Zero-Inflated负二项模型数据

Bioconductor版本:3.9

实现了一个通用和灵活zero-inflated负二项模型,可以用来提供一个单细胞RNA-seq数据的低维表示。模型的零通胀(辍学),占over-dispersion,数据的统计性质。模型还占库大小和选择批处理效果的差异和/或其他协变量,避免pre-normalize数据的必要性。

作者:大卫Risso (aut、cre cph],斯维特拉娜Gribkova (aut),范妮Perraudeau (aut),让-菲利普•绿色(aut)

维护人员:大卫Risso < Risso。大卫。gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“zinbwave”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“zinbwave”)

HTML	R脚本	zinbwave装饰图案
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文本		新闻

细节

biocViews	DimensionReduction,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.4),方法,SummarizedExperiment,SingleCellExperiment
进口	连系动词,glmnet,BiocParallel,softImpute统计数据,genefilter,刨边机,矩阵
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,matrixStats,magrittr,scRNAseq,ggplot2,biomaRt,BiocStyle,Rtsne,DESeq2,修拉
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/drisso/zinbwave/issues
取决于我
进口我	clusterExperiment
建议我	飞溅
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	zinbwave_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	zinbwave_1.6.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	zinbwave_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/zinbwave
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ zinbwave
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/zinbwave/
包下载报告	下载数据