wavClusteR

DOI:10.18129 / B9.bioc.wavClusteR

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见wavClusteR．

PAR-CLIP数据中rna -蛋白质相互作用位点的敏感和高分辨率识别

Bioconductor版本:3.9

该包提供了一个用于分析PAR-CLIP数据的集成管道。par - clip诱导的转变首先通过非参数混合模型从测序误差、snp和其他非实验源中区分出来。然后以高分辨率解析蛋白质结合位点(聚类)，并使用严格的贝叶斯框架估计聚类统计数据。提供了结果的后处理、UCSC基因组浏览器可视化的数据导出和motif搜索分析。此外，该包允许集成RNA-Seq数据来估计集群检测的错误发现率。关键功能支持并行多核计算。注意:虽然wavClusteR是为PAR-CLIP数据分析而设计的，但它可以应用于分析从诱导核苷酸取代的实验过程中获得的其他NGS数据(例如BisSeq)。

作者:Federico Comoglio和Cem Sievers

维护者:Federico Comoglio

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“wavClusteR”)

超文本标记语言	R脚本	wavClusteR: PAR-CLIP数据分析的工作流
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，ImmunoOncology，RIPSeq，RNASeq，测序，软件，技术
版本	2.18.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.2)，GenomicRanges(> = 1.31.8),Rsamtools
进口	方法,BiocGenerics，S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),Biostrings(> = 2.47.6),foreach，GenomicFeatures(> = 1.31.3),ggplot2，Hmisc，mclust，rtracklayer(> = 1.39.7),seqinr，stringr，wmtsa
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了	doMC
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	wavClusteR_2.18.0.tar.gz
Windows二进制	wavClusteR_2.18.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	wavClusteR_2.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/wavClusteR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/wavClusteR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/wavClusteR/
软件包下载报告	下载数据