transcriptR

DOI:10.18129 / B9.bioc.transcriptR

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅transcriptR。

基于芯片的一个综合工具,RNA-Seq主要记录检测和量化

Bioconductor版本:3.9

RNA被测序类型的差异影响结果测序的概要文件。mRNA-seq富含读取数据来源于外显子,虽然GRO - nucRNA, chrRNA-seq展示大量广泛的报道其实和intronic地区。的存在intronic读入GRO-seq类型的数据可以使用它来计算识别和量化所有新创连续区域分布在基因组转录。然而,这种类型的数据是更具挑战性的解释和mRNA-seq相比常见的做法。主要记录检测问题的一个挑战同时密集基因的转录,这需要正确划分为单独转录单位。R包transcriptR结合RNA-seq数据和ChIP-seq数据转录起始点的组蛋白修饰,活跃的(tss),如,H3K4me3或H3K9/14Ac克服这一挑战。使用这种方法的优点,例如,基因注释,这种方法是数据驱动的,因此能够同时处理小说和特定事件。此外,集成芯片,RNA-seq数据允许识别所有已知的转录起始点的和新颖的活动在一个给定的样本。

作者:Armen r . Karapetyan < Armen。在gmail.com karapetyan87 >

维护人员:Armen r . Karapetyan < Armen。在gmail.com karapetyan87 >

安装

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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“transcriptR”)

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PDF	R脚本	transcriptR:芯片的一个综合工具-和RNA-seq主要记录检测和量化
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细节

biocViews	报道,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,转录
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	方法,R (> = 3.3)
进口	BiocGenerics,脱字符号,chipseq,e1071,GenomicAlignments,GenomicRanges,GenomicFeatures,GenomeInfoDb,ggplot2、图形、grDevicesIRanges(> = 2.11.15),pROC,reshape2,Rsamtools,rtracklayer,S4Vectors统计,跑龙套
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,testthat
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包档案

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源包	transcriptR_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	transcriptR_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	transcriptR_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/transcriptR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ transcriptR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/transcriptR/
包下载报告	下载数据