sparseDOSSA

DOI:10.18129 / B9.bioc.sparseDOSSA

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅sparseDOSSA。

稀疏数据观测模拟合成丰富

Bioconductor版本:3.9

包是提供一个基于模型的贝叶斯方法描述和模拟微生物组数据。sparseDOSSA的边际分布的模型捕获每个微生物特性作为截断,zero-inflated对数正态分布分布,参数分布作为一个家长对数正态分布分布。模型可以有效地适合参考微生物数据以参数化和社区,或类似的人口结构来模拟合成数据集。最重要的是,它允许用户包括已知feature-feature和feature-metadata相关结构,从而提供了一个黄金标准,使基准宏基因组数据分析的统计方法。

作者:波宇任< bor158 mail.harvard.edu >、<艾玛艾玛Schwager。schwager gmail.com >,蒂莫西逗< ttickle hsph.harvard.edu >,柯蒂斯Huttenhower < chuttenh hsph.harvard.edu >

维修工:波宇任< bor158 mail.harvard.edu >,艾玛Schwager <艾玛。schwager gmail.com >,乔治Weingart <乔治。在gmail.com weingart >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“sparseDOSSA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“sparseDOSSA”)

HTML	R脚本	稀疏数据的模拟观测合成丰度(sparseDOSSA)
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	贝叶斯,ImmunoOncology,宏基因组,微生物组,软件
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可
取决于
进口	属性,跑龙套,optparse,质量,tmvtnorm(> = 1.4.10),MCMCpack
链接
建议	knitr,BiocStyle,BiocGenerics,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	sparseDOSSA_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	sparseDOSSA_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	sparseDOSSA_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sparseDOSSA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ sparseDOSSA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sparseDOSSA/
包下载报告	下载数据