singleCellTK

DOI:10.18129 / B9.bioc.singleCellTK

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见singleCellTK．

单细胞RNA-Seq数据的交互分析

Bioconductor版本:3.9

直接通过浏览器运行常见的单细胞分析，包括差分表达式、下采样分析和聚类。

作者:David Jenkins

维护者:David Jenkins

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("singleCellTK")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“singleCellTK”)

超文本标记语言	R脚本	1.singleCellTK简介
超文本标记语言	R脚本	2.在单单元工具箱中处理和可视化数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐，聚类，DifferentialExpression，GeneExpression，ImmunoOncology，SingleCell，软件
版本	1.4.2
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(1.5年)
许可证	MIT +文件许可
取决于	R (>= 3.5)，SummarizedExperiment，SingleCellExperiment，DelayedArray，Biobase
进口	猿，colourpicker，集群，ComplexHeatmap，data.table，DESeq2，DT，ggplot2，ggtree，gridExtra，GSVA(> = 1.26.0),GSVAdata，limma，桅杆，matrixStats、方法、乘，情节，RColorBrewer，Rtsne，S4Vectors，闪亮的，shinyjs，股东价值分析，reshape2，AnnotationDbi，shinyalert，circlize，enrichR，shinycssloaders，shinythemes，umap
链接
建议	testthat，Rsubread，BiocStyle，knitr，bladderbatch，rmarkdown，org.Mm.eg.db，org.Hs.eg.db，scRNAseq，xtable，拼写，GSEABase，lintr
SystemRequirements
增强了
URL	https://compbiomed.github.io/sctk_docs/
BugReports	https://github.com/compbiomed/singleCellTK/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	singleCellTK_1.4.2.tar.gz
Windows二进制	singleCellTK_1.4.2.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	singleCellTK_1.4.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/singleCellTK
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/singleCellTK
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/singleCellTK/
软件包下载报告	下载数据