这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本,请参见singleCellTK.
Bioconductor版本:3.9
直接通过浏览器运行常见的单细胞分析,包括差分表达式、下采样分析和聚类。
作者:David Jenkins
维护者:David Jenkins
引文(从R内,输入引用(“singleCellTK”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("singleCellTK")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“singleCellTK”)
超文本标记语言 | R脚本 | 1.singleCellTK简介 |
超文本标记语言 | R脚本 | 2.在单单元工具箱中处理和可视化数据 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | 对齐,聚类,DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,SingleCell,软件 |
版本 | 1.4.2 |
在Bioconductor | BioC 3.7 (R-3.5)(1.5年) |
许可证 | MIT +文件许可 |
取决于 | R (>= 3.5),SummarizedExperiment,SingleCellExperiment,DelayedArray,Biobase |
进口 | 猿,colourpicker,集群,ComplexHeatmap,data.table,DESeq2,DT,ggplot2,ggtree,gridExtra,GSVA(> = 1.26.0),GSVAdata,limma,桅杆,matrixStats、方法、乘,情节,RColorBrewer,Rtsne,S4Vectors,闪亮的,shinyjs,股东价值分析,reshape2,AnnotationDbi,shinyalert,circlize,enrichR,shinycssloaders,shinythemes,umap |
链接 | |
建议 | testthat,Rsubread,BiocStyle,knitr,bladderbatch,rmarkdown,org.Mm.eg.db,org.Hs.eg.db,scRNAseq,xtable,拼写,GSEABase,lintr |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://compbiomed.github.io/sctk_docs/ |
BugReports | https://github.com/compbiomed/singleCellTK/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | singleCellTK_1.4.2.tar.gz |
Windows二进制 | singleCellTK_1.4.2.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | singleCellTK_1.4.2.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/singleCellTK |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/singleCellTK |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/singleCellTK/ |
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