seqbias

DOI:10.18129 / B9.bioc.seqbias

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见seqbias．

高通量测序数据中每个位置偏差的估计

Bioconductor版本:3.9

该软件包使用简单的贝叶斯网络在高通量测序数据中实现了逐位测序偏差模型，其结构和参数在一组对齐的reads和参考基因组序列上进行训练。

作者:丹尼尔·琼斯

维护人员:Daniel Jones

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("seqbias")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“seqbias”)

PDF	R脚本	评估和调整高通量测序数据的技术偏差
PDF		参考手册

细节

biocViews	测序，软件
版本	1.32.0
在Bioconductor	BioC 2.8 (R-2.13)(8.5年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (>= 3.0.2)，GenomicRanges(> = 0.1.0),Biostrings(>= 2.15.0)，方法
进口
链接	Rhtslib(> = 1.15.3)
建议	Rsamtools，ggplot2
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	ReQON
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	seqbias_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	seqbias_1.32.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	seqbias_1.32.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqbias
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/seqbias
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/seqbias/
软件包下载报告	下载数据