片段
doi：10.18129/b9.bioc.sementseq
该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅片段。
从高通量测序数据中识别小RNA基因座的方法
生物导体版本：3.9
高通量测序技术允许生产大量的短序列，可以将其与基因组排列，以创建与基因组的一组匹配。通过寻找匹配密度高的基因组区域，我们可以推断将基因组分割为生物学意义的区域。此软件包中的方法允许考虑重复数据，以创建共识分割，同时从多个样本中分割数据。这在许多类别的测序实验中具有明显的应用，特别是在发现小的RNA基因座和新型mRNA转录组发现中。
作者：Thomas J. Hardcastle
维护者：thomas J. Hardcastle
引用（从r内，输入引用（“ segmentseq”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ segmentSeq”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ segmentSeq”）
| R脚本 | 片段：小RNA基因座检测 | |
| R脚本 | SegmentsSeq：甲基化基因座鉴定 | |
| 参考手册 |
细节
| 生物浏览 | 结盟，，，，DataImport，，，，差异性，，，，多重组合，，，，QualityControl，，，，测序，，，，软件 |
| 版本 | 2.18.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.6（R-2.11）（9。5年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | r（> = 3.0.0），方法，贝塞克（> = 2.9.0），S4VECTORS， 平行，基因组机，，，，Shortread，统计 |
| 进口 | rsamtools，，，，iranges，，，，GenomeInfodB，图形，grdevices，utils，艾宾 |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用，，，，生物基因 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | segmentseq_2.18.0.tar.gz |
| Windows二进制 | segmentSeq_2.18.0.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | segmentseq_2.18.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sementseq |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/segmentseq |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/sementseq/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
