斯克兰
doi：10.18129/b9.bioc.scran
该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅斯克兰。
单细胞RNA-seq数据分析的方法
生物导体版本：3.9
实施单细胞RNA-seq数据的低水平分析的功能。提供了用于细胞特异性偏差，细胞周期阶段的分配，高度可变和显着相关基因的检测，批次效应，标记基因鉴定以及单细胞分析工作流程中其他常见任务的方法。
作者：Aaron Lun [AUT，CRE]，Karsten Bach [AUT]，Jong Kyoung Kim [CTB]，Antonio Scialdone [CTB]，Laleh Haghverdi [CTB]
维护者：aaron lun
引用（从r内，输入引用（“ scran”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ scran”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Scran”）
| html | R脚本 | 使用SCAN分析SCRNA-SEQ数据 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 批处理效应，，，，聚类，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，正常化，，，，rnaseq，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件，，，，转录组学，，，，可视化 |
| 版本 | 1.12.1 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.3（R-3.3）（3。5年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | Singlecellexperiment |
| 进口 | 总结性特征，，，，S4VECTORS，，，，生物基因，，，，生物比较，，，，RCPP（> = 0.12.14），统计，方法，utils，矩阵，，，，评分，，，，EDGER，，，，林玛，，，，DynamiCtreCut，，，，生物脑，，，，Igraph，，，，Statmod，，，，延迟，，，，延迟的matrixstats，，，，生物兴奋，，，，dqrng |
| 链接 | RCPP，，，，beachmat，，，，BH，，，，dqrng |
| 建议 | 测试，，，，生物使用，，，，尼特，，，，beachmat，，，，HDF5Array，，，，irlba，，，，org.mm.eg.db，，，，deseq2，，，，单片，，，，pracma，，，，生物酶，，，，香气 |
| 系统要求 | C ++ 11 |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | 基本，，，，SCDD |
| 建议我 | 蜂窝轨道，，，，簇发酵，，，，HCADATA，，，，烤饼，，，，Simplesinglecell，，，，飞溅，，，，Tabulamurisdata |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | scran_1.12.1.tar.gz |
| Windows二进制 | scran_1.12.1.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | scran_1.12.1.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scran |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/scran |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/scran/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
