scfind

DOI:10.18129 / B9.bioc.scfind

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅scfind。

搜索工具为单细胞RNA-seq数据基因列表

Bioconductor版本:3.9

最近一个非常大量的单细胞RNA-seq (scRNA-seq)生成数据集和公开发布。收集有用的信息必须有组织的方式支持查询相关人员。“scfind”构建索引从scRNA-seq数据集以一个合适的和紧凑的方式组织信息以便数据集可以非常有效地寻找细胞或细胞类型的基因表达的一个给定的列表。

作者:弗拉基米尔Kiselev

维护人员:弗拉基米尔Kiselev < vladimir.yu。在gmail.com kiselev >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scfind”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“scfind”)

HTML	R脚本	“scfind”包装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataRepresentation,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录,转录组
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.4)
进口	SingleCellExperiment,SummarizedExperiment、方法、统计数据位,dplyr,哈希,reshape2,Rcpp(> = 0.12.12)
链接	Rcpp
建议	knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/hemberg-lab/scfind
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/scfind/
取决于我
进口我
建议我
我的链接
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scfind_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	scfind_1.6.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	scfind_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scfind
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scfind
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scfind/
包下载报告	下载数据