评分

doi：10.18129/b9.bioc.scater

该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅评分。

用于R中基因表达数据的单细胞分析工具包

生物导体版本：3.9

用于对单细胞RNA-seq基因表达数据进行各种分析的工具集合，重点是质量控制和可视化。

作者：戴维斯·麦卡锡（Davis McCarthy）[AUT，CRE]，Kieran Campbell [AUT]，Aaron Lun [AUT，CTB]，Quin Wills [aut]，Vladimir Kiselev [CTB]

维护者：戴维斯·麦卡锡（Davis McCarthy）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ scater”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ scater”）

html	R脚本	1.介绍SCATER包装
html	R脚本	2. SCATER中的数据可视化方法
html	R脚本	3.质量控制与Spoter
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	覆盖范围，，，，DataImport，，，，datarepresentation，，，，维度，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，基础设施，，，，正常化，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，rnaseq，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件，，，，转录组学，，，，可视化
版本	1.12.2
在生物导体中	Bioc 3.3（R-3.3）（3。5年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 3.6），Singlecellexperiment，，，，GGPLOT2
进口	生物基因，，，，总结性特征，，，，矩阵，，，，dplyr，，，，ggbeeswarm， 网格，延迟，，，，延迟的matrixstats， 方法，S4VECTORS，统计，utils，维里迪斯，，，，RCPP，，，，生物脑，，，，生物兴奋，，，，生物比较
链接	RCPP，，，，beachmat
建议	生物使用，，，，Biomart，，，，beachmat，，，，牛仔图，，，，命运，，，，尼特，，，，mvoutlier，，，，rmarkDown，，，，RTSNE，，，，UWOT，，，，测试，，，，马格里特，，，，pheatmap，，，，生物酶，，，，林玛
系统要求	C ++ 11
增强
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/scater/
BugReports	https://support.bioconductor.org/
取决于我	NetSmooth
进口我	Batchelor，，，，催化剂，，，，细胞混蛋，，，，斯克兰，，，，飞溅
建议我	蜂窝轨道，，，，DuoClustering2018，，，，HCADATA，，，，我明白，，，，M3Drop，，，，桅杆，，，，mbkmeans，，，，单片，，，，SC3，，，，SCDS，，，，Scmerge，，，，Simplesinglecell，，，，激流回旋，，，，总结，，，，Tabulamurisdata
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	scater_1.12.2.2.tar.gz
Windows二进制	scater_1.12.2.2.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.11（El Capitan）	scater_1.12.2.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scater
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/scater
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/scater/
软件包下载报告	下载统计