该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅scpipe。
生物导体版本:3.9
从FASTQ文件开始,并生成具有关联质量控制信息的基因计数矩阵的单元RNA-seq数据的预处理管道。它可以处理由Cel-Seq,Mars-Seq,Drop-Seq,Chromium 10X和Smart-Seq协议生成的FASTQ数据。
作者:Luyi Tian
维护者:luyi tian
引用(从r内,输入引用(“ scpipe”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ scpipe”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
browsevignettes(“ scpipe”)
html | R脚本 | SCPIPE:3'端SCRNA-SEQ数据的灵活数据预处理管道 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 基因表达,,,,基因数,,,,免疫学,,,,预处理,,,,QualityControl,,,,rnaseq,,,,测序,,,,测序,,,,Singlecell,,,,软件,,,,可视化 |
版本 | 1.6.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.6(R-3.4)(2年) |
执照 | GPL(> = 2) |
要看 | r(> = 3.4),GGPLOT2, 方法,Singlecellexperiment |
进口 | Rhtslib,,,,Biomart,,,,ggally,,,,大量的,,,,mclust,,,,RCPP(> = 0.11.3),重塑,,,,生物基因,,,,鲁棒,,,,秤,utils,统计,S4VECTORS,,,,总结性特征,,,,AnnotationDbi,,,,org.hs.eg.db,,,,org.mm.eg.db,,,,Stringr,,,,rtracklayer,,,,哈希图,,,,dplyr,,,,基因组机,,,,马格里特,,,,胶水 |
链接 | RCPP,,,,Rhtslib(> = 1.13.1),Zlibbioc,,,,测试 |
建议 | rsubread,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,测试 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | https://github.com/luyitian/scpipe |
BugReports | https://github.com/luyitian/scpipe |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | scpipe_1.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | scpipe_1.6.0.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | scpipe_1.6.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scpipe |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/scpipe |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/scpipe/ |
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