scAlign

DOI:10.18129 / B9.bioc.scAlign

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅scAlign。

一个对齐单细胞基因组学和集成方法

Bioconductor版本:3.9

深度学习的方法对数据对齐、集成和估计每个细胞的差异使数据在数据集(如基因表达)(条件、组织、物种)。看到约翰森和Quon (2019) 为更多的细节。

作者:纳尔逊·约翰森(aut (cre),杰拉尔德Quon (aut)

维护人员:纳尔逊·约翰森< njjohansen ucdavis.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scAlign”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“scAlign”)

PDF	R脚本	alignment_tutorial
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DimensionReduction,NeuralNetwork,SingleCell,软件,转录组
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5)
进口	SingleCellExperiment(> = 1.4),修拉(> = 2.3.4),tensorflow,purrr,irlba,Rtsne,ggplot2、方法、跑龙套模糊神经网络
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements	tensorflow python (< 3.7)
增强了
URL	https://github.com/quon-titative-biology/scAlign
BugReports	https://github.com/quon-titative-biology/scAlign/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scAlign_1.0.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	scAlign_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scAlign
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scAlign
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scAlign/
包下载报告	下载数据