samexplorer
doi：10.18129/b9.bioc.samexplorer
该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅samexplorer。
SAMEXPLORER软件包：高性能读取摘要，以计算具有测序深度减少模拟的矢量
生物导体版本：3.9
该R软件包设计用于次采样过程，以模拟测序深度减少的测序实验。该软件包可用于从所有主要的测序平台中生成的片状数据，例如Illumina GA，Hiseq，Miseq，Roche GS-FLX，ABI Solid和Lifetech Ion PGM Proton测序仪。它支持包括Linux，Mac OS X，FreeBSD和Solaris的多个操作系统。通过使用Rsubread开发。
作者：Alexey Stupnikov，Shailesh Tripathi和Frank Emmert-Streib
维护者：shailesh tripathi
引用（从r内，输入引用（“ samexplorer”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ samexplorer”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ samexplorer”）
| R脚本 | SAMEXPLORER小插图 | |
| 参考手册 |
细节
| 生物浏览 | 结盟，，，，chipseq，，，，dnaseq，，，，基因表达，，，，结肠管制，，，，遗传学，，，，遗传因素，，，，基因数，，，，免疫学，，，，预处理，，，，rnaseq，，，，测序，，，，测序，，，，软件，，，，全媒体 |
| 版本 | 1.8.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.5（R-3.4）（2。5年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | GGPLOT2，，，，rsubread，，，，rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14，，，，EDGER，r（> = 3.4.0） |
| 进口 | grdevices，统计，图形 |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用，，，，运行，，，，生物基因，，，，矩阵 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | samexplorer_1.8.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | samexplorer_1.8.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/samexplorer |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/samexplorer |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/samexplorer/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
