rtracklayer

doi:10.18129/b9.bioc.rtracklayer

该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅rtracklayer

R接口到基因组注释文件和UCSC基因组浏览器

生物导体版本:3.9

可扩展与多个基因组浏览器(目前内置UCSC)交互的框架,并以各种格式(目前GFF,BED,BEDGRAPH,BEDGRAPH,BED15,WIG,WIG,BIGWIG和2位内置)操纵注释轨道。用户可以向/从受支持的浏览器导出/导入跟踪,以及查询并修改浏览器状态,例如当前视口。

作者:迈克尔·劳伦斯,文斯·凯里,罗伯特·绅士

维护者:迈克尔·劳伦斯(Michael Lawrence)

引用(从r内,输入引用(“ rtracklayer”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ rtracklayer”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ rtracklayer”)

PDF R脚本 rtracklayer
PDF 参考手册
文本 消息
文本 安装
文本 执照

细节

生物浏览 注解,,,,DataImport,,,,软件,,,,可视化
版本 1.44.4
在生物导体中 Bioc 2.2(R-2.7)(11。5年)
执照 Artistic-2.0 +文件许可证
要看 R(> = 3.3),方法,基因组机(> = 1.31.8)
进口 XML(> = 1.98-0),生物基因(> = 0.25.1),S4VECTORS(> = 0.19.22),iranges(> = 2.13.13),xvector(> = 0.19.7),GenomeInfodB(> = 1.15.2),生物弦(> = 2.47.6),Zlibbioc,,,,rcurl(> = 1.4-2),rsamtools(> = 1.31.2),基因组签名(> = 1.15.6),工具
链接 S4VECTORS,,,,iranges,,,,xvector
建议 BSGENOME(> = 1.33.4),人类系统,,,,microRNA(> = 1.1.1),GeneFilter,,,,林玛,,,,org.hs.eg.db,,,,hgu133plus2.db,,,,GenomicFeatures,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,运行
系统要求
增强
URL
取决于我 BSGENOME,,,,Cagefightr,,,,芯片,,,,chipseqspike,,,,CoverageView,,,,腹带,,,,Eatonetalchipseq,,,,DEBLUSTER,,,,外表,,,,Genextender,,,,Genomicfiles,,,,grohmm,,,,吉他,,,,Helloranges,,,,IDEOVIZ,,,,IGVR,,,,举起,,,,loomexpermiment,,,,甲基赛克,,,,R3CSEQ,,,,Ripseeker,,,,测序,,,,结构视频隔离
进口我 AnnotationHubdata,,,,Annotatr,,,,atacseqqc,,,,舞会礼服,,,,BGEECALL,,,,Biseq,,,,分支机构,,,,BSGENOME,,,,卡格,,,,卡斯珀,,,,cexor,,,,chipanalyser,,,,Chipenrich,,,,chipenrich.data,,,,Chippeakanno,,,,Chipseeker,,,,ChromheatMap,,,,Chromswitch,,,,CNER,,,,彗星,,,,compgo,,,,共识,,,,contibait,,,,Conumee,,,,CustomProdb,,,,深布鲁尔,,,,德芬德,,,,DESCAN2,,,,Diffhic,,,,diffloop,,,,dmchmm,,,,DMRSEQ,,,,埃尔默,,,,富集,,,,Ensembldb,,,,Erma,,,,esatac,,,,Fourcseq,,,,funcisnp,,,,funcisnp.data,,,,GenBankr,,,,基因贡献,,,,Genelendatabase,,,,GenStructurotootools,,,,基因组化,,,,GenomicFeatures,,,,基因组间,,,,Genotypeeval,,,,GGBIO,,,,ggtools,,,,GMAPR,,,,哥特,,,,GQTLBASE,,,,Greylistchip,,,,GVIZ,,,,Gwascat,,,,Hiannotator,,,,HITC,,,,htseqgenie,,,,冰茶,,,,intad,,,,同工型间分析仪,,,,核粒子,,,,Macpet,,,,Madseq,,,,马瑟,,,,Medips,,,,metagene,,,,metagene2,,,,甲基分析,,,,甲基库,,,,Motifbreakr,,,,主题,,,,mtseeker,,,,NADFINDER,,,,纳米,,,,NORMR,,,,OMICSPCA,,,,ORFIK,,,,过去的,,,,PBase,,,,PGA,,,,plyranges,,,,婴儿车,,,,Primirtss,,,,probamr,,,,profileplyr,,,,属属,,,,QSEA,,,,,,,,RCAS,,,,叙事,,,,recountworkflow,,,,补偿,,,,区域人,,,,REMP,,,,repitools,,,,RGMQL,,,,肋骨蛋白,,,,rnaprobr,,,,怒吼,,,,scpipe,,,,颈背,,,,seqplots,,,,seqsetvis,,,,塞文,,,,sgseq,,,,singscoreamlmutations,,,,soggi,,,,Srnadiff,,,,SVM2CRM,,,,TFBSTOOLS,,,,TrackViewer,,,,transcriptr,,,,Trnascanimport,,,,tsrchitect,,,,变体,,,,变体工具,,,,Wavcluster,,,,WigglePlotr
建议我 高山,,,,AnnotationHub,,,,Biocfilecache,,,,Biovizbase,,,,BSSEQ,,,,chipseqdb,,,,西塞罗,,,,Cindex,,,,Compepitools,,,,crisprvariants,,,,csawusersguide,,,,DSQTL,,,,epivizrchart,,,,epivizrdata,,,,fdb.fantom4.promoters.hg19,,,,Genextender,,,,基因组签名,,,,基因组机,,,,geuvadistranscriptexpr,,,,Goseq,,,,inpas,,,,InteractiveSplay,,,,metaseqr,,,,甲基菌,,,,Mirbaseconverter,,,,动机,,,,mtseekerdata,,,,突变模式,,,,纳米管,,,,狭窄,,,,有机体,,,,pasillatranscriptexpr,,,,图片,,,,ping,,,,管框,,,,PQSFINDER,,,,R453plus1toolbox,,,,林戈,,,,rmat,,,,rnbeads,,,,RSVSIM,,,,签名者,,,,相似,,,,tcgautils,,,,三元,,,,Trnadbimport,,,,TSSI,,,,TVTB
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 rtracklayer_1.44.4.4.44.tar.gz
Windows二进制 rtracklayer_1.44.4.4.4.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) rtracklayer_1.44.4.44.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rtracklayer
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/rtracklayer
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/rtracklayer/
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