rtracklayer

doi：10.18129/b9.bioc.rtracklayer

该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅rtracklayer。

R接口到基因组注释文件和UCSC基因组浏览器

生物导体版本：3.9

可扩展与多个基因组浏览器（目前内置UCSC）交互的框架，并以各种格式（目前GFF，BED，BEDGRAPH，BEDGRAPH，BED15，WIG，WIG，BIGWIG和2位内置）操纵注释轨道。用户可以向/从受支持的浏览器导出/导入跟踪，以及查询并修改浏览器状态，例如当前视口。

作者：迈克尔·劳伦斯，文斯·凯里，罗伯特·绅士

维护者：迈克尔·劳伦斯（Michael Lawrence）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ rtracklayer”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ rtracklayer”）

PDF	R脚本	rtracklayer
PDF		参考手册
文本		消息
文本		安装
文本		执照

细节

生物浏览	注解，，，，DataImport，，，，软件，，，，可视化
版本	1.44.4
在生物导体中	Bioc 2.2（R-2.7）（11。5年）
执照	Artistic-2.0 +文件许可证
要看	R（> = 3.3），方法，基因组机（> = 1.31.8）
进口	XML（> = 1.98-0），生物基因（> = 0.25.1），S4VECTORS（> = 0.19.22），iranges（> = 2.13.13），xvector（> = 0.19.7），GenomeInfodB（> = 1.15.2），生物弦（> = 2.47.6），Zlibbioc，，，，rcurl（> = 1.4-2），rsamtools（> = 1.31.2），基因组签名（> = 1.15.6），工具
链接	S4VECTORS，，，，iranges，，，，xvector
建议	BSGENOME（> = 1.33.4），人类系统，，，，microRNA（> = 1.1.1），GeneFilter，，，，林玛，，，，org.hs.eg.db，，，，hgu133plus2.db，，，，GenomicFeatures，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，运行
系统要求
增强
URL
取决于我	BSGENOME，，，，Cagefightr，，，，芯片，，，，chipseqspike，，，，CoverageView，，，，腹带，，，，Eatonetalchipseq，，，，DEBLUSTER，，，，外表，，，，Genextender，，，，Genomicfiles，，，，grohmm，，，，吉他，，，，Helloranges，，，，IDEOVIZ，，，，IGVR，，，，举起，，，，loomexpermiment，，，，甲基赛克，，，，R3CSEQ，，，，Ripseeker，，，，测序，，，，结构视频隔离
进口我	AnnotationHubdata，，，，Annotatr，，，，atacseqqc，，，，舞会礼服，，，，BGEECALL，，，，Biseq，，，，分支机构，，，，BSGENOME，，，，卡格，，，，卡斯珀，，，，cexor，，，，chipanalyser，，，，Chipenrich，，，，chipenrich.data，，，，Chippeakanno，，，，Chipseeker，，，，ChromheatMap，，，，Chromswitch，，，，CNER，，，，彗星，，，，compgo，，，，共识，，，，contibait，，，，Conumee，，，，CustomProdb，，，，深布鲁尔，，，，德芬德，，，，DESCAN2，，，，Diffhic，，，，diffloop，，，，dmchmm，，，，DMRSEQ，，，，埃尔默，，，，富集，，，，Ensembldb，，，，Erma，，，，esatac，，，，Fourcseq，，，，funcisnp，，，，funcisnp.data，，，，GenBankr，，，，基因贡献，，，，Genelendatabase，，，，GenStructurotootools，，，，基因组化，，，，GenomicFeatures，，，，基因组间，，，，Genotypeeval，，，，GGBIO，，，，ggtools，，，，GMAPR，，，，哥特，，，，GQTLBASE，，，，Greylistchip，，，，GVIZ，，，，Gwascat，，，，Hiannotator，，，，HITC，，，，htseqgenie，，，，冰茶，，，，intad，，，，同工型间分析仪，，，，核粒子，，，，Macpet，，，，Madseq，，，，马瑟，，，，Medips，，，，metagene，，，，metagene2，，，，甲基分析，，，，甲基库，，，，Motifbreakr，，，，主题，，，，mtseeker，，，，NADFINDER，，，，纳米，，，，NORMR，，，，OMICSPCA，，，，ORFIK，，，，过去的，，，，PBase，，，，PGA，，，，plyranges，，，，婴儿车，，，，Primirtss，，，，probamr，，，，profileplyr，，，，属属，，，，QSEA，，，，准，，，，RCAS，，，，叙事，，，，recountworkflow，，，，补偿，，，，区域人，，，，REMP，，，，repitools，，，，RGMQL，，，，肋骨蛋白，，，，rnaprobr，，，，怒吼，，，，scpipe，，，，颈背，，，，seqplots，，，，seqsetvis，，，，塞文，，，，sgseq，，，，singscoreamlmutations，，，，soggi，，，，Srnadiff，，，，SVM2CRM，，，，TFBSTOOLS，，，，TrackViewer，，，，transcriptr，，，，Trnascanimport，，，，tsrchitect，，，，变体，，，，变体工具，，，，Wavcluster，，，，WigglePlotr
建议我	高山，，，，AnnotationHub，，，，Biocfilecache，，，，Biovizbase，，，，BSSEQ，，，，chipseqdb，，，，西塞罗，，，，Cindex，，，，Compepitools，，，，crisprvariants，，，，csawusersguide，，，，DSQTL，，，，epivizrchart，，，，epivizrdata，，，，fdb.fantom4.promoters.hg19，，，，Genextender，，，，基因组签名，，，，基因组机，，，，geuvadistranscriptexpr，，，，Goseq，，，，inpas，，，，InteractiveSplay，，，，metaseqr，，，，甲基菌，，，，Mirbaseconverter，，，，动机，，，，mtseekerdata，，，，突变模式，，，，纳米管，，，，狭窄，，，，有机体，，，，pasillatranscriptexpr，，，，图片，，，，ping，，，，管框，，，，PQSFINDER，，，，R453plus1toolbox，，，，林戈，，，，rmat，，，，rnbeads，，，，RSVSIM，，，，签名者，，，，相似，，，，tcgautils，，，，三元，，，，Trnadbimport，，，，TSSI，，，，TVTB
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	rtracklayer_1.44.4.4.44.tar.gz
Windows二进制	rtracklayer_1.44.4.4.4.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	rtracklayer_1.44.4.44.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rtracklayer
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/rtracklayer
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/rtracklayer/
软件包下载报告	下载统计