地区

DOI:10.18129 / B9.bioc.regioneR

此包适用于Bioconductor的3.9版本;有关稳定的最新发布版本,请参见地区

基于排列试验的基因组区域关联分析

Bioconductor版本:3.9

regioneR提供了一个基于可定制排列测试的统计框架,以评估基因组区域集和其他基因组特征之间的关联。

作者:Anna Diez-Villanueva , Roberto Malinverni 和Bernat Gel

维护者:Bernat Gel

引用(从R中,输入引用(“区域”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("regioneR")

对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(“区域”)

超文本标记语言 R脚本 地区的装饰图案
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews ChIPSeqCopyNumberVariationDNASeq遗传学MethylSeq软件
版本 1.16.5
Bioconductor自 BioC 3.1 (R-3.2)(4.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 GenomicRanges
进口 memoiseGenomicRangesIRangesBSgenomeBiostringsrtracklayer,并行,图形,统计,工具,方法,GenomeInfoDbS4Vectors
链接
建议 BiocStyleknitrBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.maskedtestthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我 karyoploteR
进口我 annotatrChIPpeakAnnoCopyNumberPlotskaryoploteR
建议我 CNVRanger
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包 regioneR_1.16.5.tar.gz
Windows二进制 regioneR_1.16.5.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) regioneR_1.16.5.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/regioneR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/地区
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/regioneR/
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Bioconductor

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