此包适用于Bioconductor的3.9版本;有关稳定的最新发布版本,请参见地区.
Bioconductor版本:3.9
regioneR提供了一个基于可定制排列测试的统计框架,以评估基因组区域集和其他基因组特征之间的关联。
作者:Anna Diez-Villanueva
维护者:Bernat Gel
引用(从R中,输入引用(“区域”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("regioneR")
对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:
browseVignettes(“区域”)
超文本标记语言 | R脚本 | 地区的装饰图案 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | ChIPSeq,CopyNumberVariation,DNASeq,遗传学,MethylSeq,软件 |
版本 | 1.16.5 |
Bioconductor自 | BioC 3.1 (R-3.2)(4.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | GenomicRanges |
进口 | memoise,GenomicRanges,IRanges,BSgenome,Biostrings,rtracklayer,并行,图形,统计,工具,方法,GenomeInfoDb,S4Vectors |
链接 | |
建议 | BiocStyle,knitr,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | karyoploteR |
进口我 | annotatr,ChIPpeakAnno,CopyNumberPlots,karyoploteR |
建议我 | CNVRanger |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
源包 | regioneR_1.16.5.tar.gz |
Windows二进制 | regioneR_1.16.5.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | regioneR_1.16.5.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/regioneR |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/地区 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/regioneR/ |
包下载报告 | 下载数据 |