ramwas

DOI:10.18129 / B9.bioc.ramwas

这个包适用于Bioconductor 3.9版;有关稳定的最新发布版本，请参见ramwas．

用于浓缩平台的快速甲基体范围关联研究管道

Bioconductor版本:3.9

甲基组全关联研究(MWAS)的完整工具集。它是专门为基于富集甲基化分析的数据设计的，但也可以应用于其他数据。分析管道包括七个步骤:(1)从BAM文件中扫描对齐的reads，(2)计算质量控制措施，(3)创建甲基化评分(覆盖)矩阵，(4)主成分分析捕捉批效应和检测异常值，(5)与感兴趣的表型相关分析，同时校正顶级pc和已知协变量，(6)注释显著发现，(7)使用弹性网进行多标记分析(甲基化风险评分)。此外，RaMWAS还包括联合分析甲基化和基因型数据的工具。这项工作发表在生物信息学，Shabalin et al.(2018)上。 ．

作者:Andrey A Shabalin [aut, cre]，肖娜·L·克拉克[aut]，穆罕默德·W·哈特布[aut]，卡洛琳娜·A·阿伯格[aut]，埃德温·J·C·G·范登奥尔德[aut]

维护者:Andrey A Shabalin < Andrey。Shabalin在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("ramwas")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ramwas”)

超文本标记语言	R脚本	1.概述
超文本标记语言	R脚本	2.CpG集
超文本标记语言	R脚本	3.BAM质量控制措施
超文本标记语言	R脚本	4.甲基化和基因型数据的联合分析
超文本标记语言	R脚本	5.。分析Illumina甲基化阵列数据
超文本标记语言	R脚本	5.摄氏度。分析其他来源的数据
超文本标记语言	R脚本	6.RaMWAS参数
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，报道，DNAMethylation，DifferentialMethylation，归一化，预处理，PrincipalComponent，质量控制，测序，软件，可视化
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(2.5年)
许可证	LGPL-3
取决于	R(>= 3.3.0)，方法，filematrix
进口	图形，统计，效用，消化，glmnet，KernSmoothgrDevices,GenomicAlignments，Rsamtools平行,biomaRt，Biostrings，BiocGenerics
链接
建议	knitr，rmarkdown，老鸨，BiocStyle，BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/ramwas/
BugReports	https://github.com/andreyshabalin/ramwas/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ramwas_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	ramwas_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ramwas_1.8.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ramwas
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ramwas
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ramwas/
软件包下载报告	下载数据