rMAT

DOI:10.18129 / B9.bioc.rMAT

这个包是Bioconductor的3.9版本。这个包已经从Bioconductor删除。最后稳定,最新的发布版本,请参阅rMAT。

R实现从垫程序规范化和分析花砖数组和ChIP-chip数据。

Bioconductor版本:3.9

这个包是一个R版本的包垫,包含函数来解析和合并Affymetrix BPMAP和玻璃纸花砖数组文件(使用c++基础融合SDK和Bioconductor包affxparser),规范化花砖数组使用序列特定模型,检测富集地区ChIP-chip实验。注意:用户应该GSL GenomeGraphs安装。Windows用户:“请教README文件中可用的本月目录源分布为必要的配置指令的。雪豹的用户可以利用提高速度与中央调度!

作者:查尔斯·张Arnaud所有权和拉斐尔Gottardo

维护人员:Arnaud所有权< Arnaud。在crchuq.ulaval所有权。ca >和拉斐尔Gottardo < rgottard fhcrc.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“rMAT”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“rMAT”)

PDF	R脚本	rMAT用户指南
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列,预处理,软件
版本	3.33.0
Bioconductor自	BioC 2.4 (r - 2.9)(10.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.9.0),BiocGenerics(> = 0.1.3),IRanges(> = 1.13.10),Biobase(> = 2.15.1),affxparser
进口	统计数据、方法BiocGenerics,IRanges,Biobase,affxparser,stats4
链接
建议	GenomeGraphs,rtracklayer
SystemRequirements	GSL (GNU科学图书馆)
增强了
URL	http://www.rglab.org
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	rMAT_3.33.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	rMAT_3.33.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rMAT
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rMAT
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rMAT/
包下载报告	下载数据