Prebs

doi:10.18129/b9.bioc.prebs

该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅Prebs

RNA-seq数据的探针区域表达估计提高了微阵列可比性

生物导体版本:3.9

PREBS软件包旨在使RNA-Service(RNA-SEQ)数据与微阵列数据更具可比性。可比性是通过使用RMA算法的修改版本来汇总探针区域测序表达式实现的。该管道将​​映射的读取为输入,并产生基因表达式或原始微阵列探针集作为输出。

作者:Karolis Uziela和Antti Honkela

维护者:karolis uziela

引用(从r内,输入引用(“ prebs”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ prebs”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ prebs”)

PDF R脚本 PreBS用户指南
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 基因表达,,,,免疫学,,,,微阵列,,,,预处理,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件
版本 1.24.0
在生物导体中 Bioc 2.12(R-3.0)(6。5年)
执照 艺术2.0
要看 r(> = 2.14.0),基因组签名,,,,副词,,,,RPA
进口 平行,方法,统计,基因组机(> = 1.13.3),iranges,,,,生物酶,,,,GenomeInfodB,,,,S4VECTORS
链接
建议 prebsdata,,,,HGU133PLUS2CDF,,,,HGU133PLUS2Probe
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 prebs_1.24.0.tar.gz
Windows二进制 prebs_1.24.0.zip(32-和64位)
Mac OS X 10.11(El Capitan) prebs_1.24.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/prebs
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/prebs
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/prebs/
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