podkat

DOI:10.18129 / B9.bioc.podkat

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅podkat。

位置相关的内核联想测验

Bioconductor版本:3.9

这个包提供了一个联想测验能够处理的非常罕见,甚至私人变体。这是通过一个基于内核的方法,考虑了变异的位置。测试可用于预处理矩阵数据,而且还直接为变体VCF文件中存储的数据。协会测试可以执行全基因组、whole-exome或局限于预定义的感兴趣的区域。测试是由工具分析和可视化结果。

作者:乌尔里希Bodenhofer

维护人员:乌尔里希Bodenhofer < Bodenhofer在bioinf.jku.at >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“podkat”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“podkat”)

PDF	R脚本	PODKAT - R包协会测试涉及罕见和私人变体
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,DataImport,遗传学,测序,软件,VariantAnnotation,WholeGenome
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(4.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 3.2.0)、方法Rsamtools(> = 1.99.1),GenomicRanges
进口	Rcpp(> = 0.11.1)、并行、统计图形,grDevices,跑龙套,Biobase,BiocGenerics,矩阵,GenomeInfoDb,IRanges,Biostrings,BSgenome(> = 1.32.0)
链接	Rcpp,Rhtslib(> = 1.15.3)
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38.masked,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10.masked,GWASTools(> = 1.13.24),VariantAnnotation,SummarizedExperiment,knitr
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.bioinf.jku.at/software/podkat/https://github.com/UBod/podkat
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	podkat_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	podkat_1.16.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	podkat_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/podkat
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ podkat
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/podkat/
包下载报告	下载数据