门索
doi：10.18129/b9.bioc.phyloseq
该包适用于生物导体的3.9版；对于稳定的最新版本，请参阅门索。
高通量微生物组普查数据的处理和分析
生物导体版本：3.9
ThyloSeq提供了一组类和工具，以促进微生物组普查数据的导入，存储，分析和图形显示。
作者：Paul J. McMurdie
维护者：Paul J. McMurdie
引用（从r内，输入引用（“ Thyloseq”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ thyyloseq”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Thyloseq”）
| html | R脚本 | 分析小插图 |
| html | R脚本 | Thyloseq和Deseq2关于结直肠癌数据 |
| html | R脚本 | Thyloseq基础知识 |
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| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 分类，，，，聚类，，，，遗传因素，，，，免疫学，，，，宏基因组学，，，，微生物组，，，，多重组合，，，，测序，，，，软件 |
| 版本 | 1.28.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.10（R-2.15）（7。5年） |
| 执照 | AGPL-3 |
| 要看 | r（> = 3.3.0） |
| 进口 | ADE4（> = 1.7.4），猿（> = 5.0），生物酶（> = 2.36.2），生物基因（> = 0.22.0），生物形式（> = 1.0.0），生物弦（> = 2.40.0），簇（> = 2.0.4），Data.Table（> = 1.10.4），foreach（> = 1.4.3），GGPLOT2（> = 2.1.0），Igraph（> = 1.0.1），方法（> = 3.3.0），多检验（> = 2.28.0），plyr（> = 1.8.3），RESHAPE2（> = 1.4.1），秤（> = 0.4.0），素食主义者（> = 2.5） |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用（> = 2.4），deseq2（> = 1.16.1），GeneFilter（> = 1.58），尼特（> = 1.16），马格里特（> = 1.5），元基因组（> = 1.14），rmarkDown（> = 1.6），测试（> = 1.0.2） |
| 系统要求 | |
| 增强 | 多帕尔（> = 1.0.10） |
| URL | http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0061217 |
| BugReports | https://github.com/joey711/phyloseq/issues |
| 取决于我 | 微生物组，，，，暹罗 |
| 进口我 | metavizr，，，，Pathostat，，，，RCM，，，，RPA |
| 建议我 | 策划的元素元素，，，，Decontam，，，，HMP16SDATA，，，，元全征，，，，菲尔 |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | Thyloseq_1.28.0.tar.gz |
| Windows二进制 | Thyloseq_1.28.0.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | Thyloseq_1.28.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/phyloseq |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/thyloseq |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/phyloseq/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
