ngsReports

DOI:10.18129 / B9.bioc.ngsReports

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ngsReports。

负载FastqQC报告和其他门店相关文件

Bioconductor版本:3.9

这个包提供了解析方法和对象类FastQC报告和从其他门店工具输出总结为R,以及想象数据加载这些文件。

史蒂夫·Pederson (aut (cre)作者:克里斯托弗·沃德(aut), Thu-Hien (aut)

维护人员:史蒂夫Pederson <斯蒂芬。pederson在adelaide.edu.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ngsReports”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ngsReports”)

HTML	R脚本	介绍ngsReports
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	质量控制,ReportWriting,软件
版本	1.0.1
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(< 6个月)
许可证	文件许可
取决于	BiocGenerics,ggplot2,宠物猫(> = 1.3.1)
进口	Biostrings,使彻底失败,dplyr(> = 0.8.0),ggdendro、grDevices、网格kableExtra,lubridate、方法、老鸨平行,情节,readr,reshape2,rmarkdown,Rsamtools,尺度,ShortRead统计数据,stringr,tidyr,tidyselect(> = 0.2.3),truncnorm跑龙套,viridisLite,XVector,动物园
链接
建议	BiocStyle,开罗,knitr,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/UofABioinformaticsHub/ngsReports
BugReports	https://github.com/UofABioinformaticsHub/ngsReports/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ngsReports_1.0.1.tar.gz
Windows二进制	ngsReports_1.0.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	ngsReports_1.0.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ngsReports
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ngsReports
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ngsReports/
包下载报告	下载数据