马赛克

DOI:10.18129 / B9.bioc.mosaics

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅马赛克。

马赛克(基于模型的一个和两个样品分析和推理ChIP-Seq)

Bioconductor版本:3.9

这个包提供了函数拟合马赛克和MOSAiCS-HMM,统计框架来分析一个样品或两个示例ChIP-seq转录因子的数据绑定和组蛋白修饰。

作者:东峻涌裴分矿,Rene韦尔奇,Sunduz凯尔

维护人员:东峻涌<东峻。钟在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“马赛克”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“马赛克”)

PDF	R脚本	马赛克
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文本		新闻

细节

biocViews	生物信息学,ChIPseq,遗传学,测序,软件,转录
版本	2.22.0
Bioconductor自	BioC 2.8 (r - 2.13)(8.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 3.0.0)、方法、图形、Rcpp
进口	质量样条函数,晶格,IRanges,GenomicRanges,GenomicAlignments,Rsamtools,GenomeInfoDb,S4Vectors
链接	Rcpp
建议	mosaicsExample
SystemRequirements	Perl
增强了	平行
URL	http://groups.google.com/group/mosaics_user_group
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	mosaics_2.22.0.tar.gz
Windows二进制	mosaics_2.22.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	mosaics_2.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mosaics
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/马赛克
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/mosaics/
包下载报告	下载数据