missMethyl

DOI:10.18129 / B9.bioc.missMethyl

这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅missMethyl。

分析Illumina公司HumanMethylation BeadChip数据

Bioconductor版本:3.9

正常化为微分变化和差异甲基化和测试数据从Illumina公司的英飞纳姆HumanMethylation450数组。正常化过程subset-quantile within-array正常化(天鹅),它允许英飞纳姆I和II型探测器在一个数组一起正常化。微分变化的测试是基于经验贝叶斯列文的测试版本。RUV,差异甲基化测试执行使用政府可以调整系统误差在高维数据通过使用来历不明的负控制调查。基因本体论分析是由考虑阵列探测器每个基因的数量。

作者:贝琳达Phipson和Jovana Maksimovic

维护人员:贝琳达Phipson <贝琳达。phipson mcri.edu.au >, Jovana Maksimovic < Jovana。maksimovic mcri.edu.au >,安德鲁·朗斯代尔<安德鲁。朗斯代尔在mcri.edu.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“missMethyl”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	missMethyl:分析Illumina公司HumanMethylation BeadChip数据
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文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,DifferentialMethylation,GeneSetEnrichment,GeneticVariability,GenomicVariation,MethylationArray,归一化,软件
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = tripwire)
进口	limma,minfi,methylumi,IlluminaHumanMethylation450kmanifest,statmod,ruv,stringr,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,org.Hs.eg.db,AnnotationDbi,BiasedUrn,GO.db,IlluminaHumanMethylationEPICmanifest,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19
链接
建议	minfiData,BiocStyle,knitr,rmarkdown,刨边机,tweeDEseqCountData
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	methylationArrayAnalysis
进口我	冠军,DMRcate,餐,methylGSA
建议我	RnBeads
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	missMethyl_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	missMethyl_1.18.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	missMethyl_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/missMethyl
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ missMethyl
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/missMethyl/
包下载报告	下载数据