这个包是3.9版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅missMethyl。
Bioconductor版本:3.9
正常化为微分变化和差异甲基化和测试数据从Illumina公司的英飞纳姆HumanMethylation450数组。正常化过程subset-quantile within-array正常化(天鹅),它允许英飞纳姆I和II型探测器在一个数组一起正常化。微分变化的测试是基于经验贝叶斯列文的测试版本。RUV,差异甲基化测试执行使用政府可以调整系统误差在高维数据通过使用来历不明的负控制调查。基因本体论分析是由考虑阵列探测器每个基因的数量。
作者:贝琳达Phipson和Jovana Maksimovic
维护人员:贝琳达Phipson <贝琳达。phipson mcri.edu.au >, Jovana Maksimovic < Jovana。maksimovic mcri.edu.au >,安德鲁·朗斯代尔<安德鲁。朗斯代尔在mcri.edu.au >
从内部引用(R,回车引用(“missMethyl”)
):
安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“missMethyl”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“missMethyl”)
HTML | R脚本 | missMethyl:分析Illumina公司HumanMethylation BeadChip数据 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DNAMethylation,DifferentialMethylation,GeneSetEnrichment,GeneticVariability,GenomicVariation,MethylationArray,归一化,软件 |
版本 | 1.18.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.0 (r - 3.1)(5年) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | R (> = tripwire) |
进口 | limma,minfi,methylumi,IlluminaHumanMethylation450kmanifest,statmod,ruv,stringr,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,org.Hs.eg.db,AnnotationDbi,BiasedUrn,GO.db,IlluminaHumanMethylationEPICmanifest,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19 |
链接 | |
建议 | minfiData,BiocStyle,knitr,rmarkdown,刨边机,tweeDEseqCountData |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | methylationArrayAnalysis |
进口我 | 冠军,DMRcate,餐,methylGSA |
建议我 | RnBeads |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | missMethyl_1.18.0.tar.gz |
Windows二进制 | missMethyl_1.18.0.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | missMethyl_1.18.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/missMethyl |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ missMethyl |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/missMethyl/ |
包下载报告 | 下载数据 |