该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅mirsponger。
生物导体版本:3.9
该软件包提供了一些研究miRNA海绵(也称为Cerna或miRNA诱饵)的功能,包括流行的方法来识别miRNA海绵相互作用,以及从不同方法中整合miRNA海绵相互作用的整合方法,以及验证miRNA海绵相互作用的功能,并推断miRNA海绵模块,对模块进行富集分析,并进行模块的存活分析。
作者:Junpeng Zhang
维护者:yahoo.com> junpeng zhang
引用(从r内,输入引用(“ mirsponger”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ mirsponger”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ mirsponger”)
html | R脚本 | mirsponger:miRNA海绵相互作用网络和模块的识别和分析 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 生物医学信息学,,,,基因表达,,,,微阵列,,,,NetworkEnrichment,,,,软件,,,,生存 |
版本 | 1.10.1 |
在生物导体中 | Bioc 3.9(R-3.6)(<6个月) |
执照 | GPL-3 |
要看 | R(> = 3.5.0) |
进口 | 公司, 平行,Igraph,,,,MCL,,,,clusterProfiler,,,,Reactomepa,,,,剂量,,,,生存,grdevices,图形,统计信息,varhandle,,,,linkComm,utils,RCPP,,,,org.hs.eg.db |
链接 | |
建议 | 生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,测试 |
系统要求 | |
增强 | |
URL |
|
BugReports | https://github.com/zhangjunpeng411/mirsponger/issues |
取决于我 | |
进口我 | mirsm |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | mirsponger_1.10.1.tar.gz |
Windows二进制 | mirsponger_1.10.1.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | mirsponger_1.10.1.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mirsponger |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/mirsponger |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/mirsponger/ |
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