该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅甲基库。
生物导体版本:3.9
甲基套件是用于通过高通量亚硫酸盐测序的DNA甲基化分析和注释的R包装。该软件包旨在处理来自RRB及其变体的测序数据,还可以处理目标捕获方法和整个基因组Bisulfite测序。它还具有分析从OXBS-SEQ和TAB-SEQ等实验协议的基本对分辨率数据的函数。可以直接从Bismark对齐的BAM文件中执行甲基化调用。
作者:Altuna Akalin [AUT,CRE],Matthias Kormaksson [aut],Sheng Li [aut],Arsene Wabo [CTB],Adrian Bierling [aut],Alexander Gosdschan [aut]
维护者:gmail.com>> Altuna akalin
引用(从r内,输入引用(“甲基容”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“甲基kit”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“甲基销”)
html | R脚本 | 甲基销:用户指南v`r packageversion('甲基币)`````'' |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | DNAMETHYLATY,,,,甲基,,,,测序,,,,软件 |
版本 | 1.10.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.4(R-3.3)(3年) |
执照 | 艺术2.0 |
要看 | r(> = 3.3.0),基因组机(> = 1.18.1),方法 |
进口 | iranges,,,,Data.Table(> = 1.9.6),并行,S4VECTORS(> = 0.13.13),GenomeInfodB,,,,克恩斯门茶,,,,QVALUE,,,,emdbook,,,,rsamtools,,,,gtools,,,,fastseg,,,,rtracklayer,,,,mclust,,,,MGCV,,,,RCPP,,,,r.utils,,,,林玛,grdevices,图形,统计,utils |
链接 | RCPP,,,,Rhtslib(> = 1.13.1),Zlibbioc |
建议 | 测试,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,基因组化,,,,生物管理器 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | http://code.google.com/p/methylkit/ |
取决于我 | |
进口我 | 甲基赫里西氏菌,,,,甲基硫酸 |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | METHYLKIT_1.10.0.TAR.GZ |
Windows二进制 | METHYLKIT_1.10.0.ZIP |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | METHYLKIT_1.10.0.TGZ |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylkit |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:包装/甲基套件 |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/methylkit/ |
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