甲基库

doi:10.18129/b9.bioc.methylkit

该包适用于生物导体的3.9版;对于稳定的最新版本,请参阅甲基库

来自高通量亚硫酸盐测序结果的DNA甲基化分析

生物导体版本:3.9

甲基套件是用于通过高通量亚硫酸盐测序的DNA甲基化分析和注释的R包装。该软件包旨在处理来自RRB及其变体的测序数据,还可以处理目标捕获方法和整个基因组Bisulfite测序。它还具有分析从OXBS-SEQ和TAB-SEQ等实验协议的基本对分辨率数据的函数。可以直接从Bismark对齐的BAM文件中执行甲基化调用。

作者:Altuna Akalin [AUT,CRE],Matthias Kormaksson [aut],Sheng Li [aut],Arsene Wabo [CTB],Adrian Bierling [aut],Alexander Gosdschan [aut]

维护者:gmail.com>> Altuna akalin alexander gosdschan >

引用(从r内,输入引用(“甲基容”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“甲基kit”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“甲基销”)

html R脚本 甲基销:用户指南v`r packageversion('甲基币)`````''
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 DNAMETHYLATY,,,,甲基,,,,测序,,,,软件
版本 1.10.0
在生物导体中 Bioc 3.4(R-3.3)(3年)
执照 艺术2.0
要看 r(> = 3.3.0),基因组机(> = 1.18.1),方法
进口 iranges,,,,Data.Table(> = 1.9.6),并行,S4VECTORS(> = 0.13.13),GenomeInfodB,,,,克恩斯门茶,,,,QVALUE,,,,emdbook,,,,rsamtools,,,,gtools,,,,fastseg,,,,rtracklayer,,,,mclust,,,,MGCV,,,,RCPP,,,,r.utils,,,,林玛,grdevices,图形,统计,utils
链接 RCPP,,,,Rhtslib(> = 1.13.1),Zlibbioc
建议 测试,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,基因组化,,,,生物管理器
系统要求
增强
URL http://code.google.com/p/methylkit/
取决于我
进口我 甲基赫里西氏菌,,,,甲基硫酸
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 METHYLKIT_1.10.0.TAR.GZ
Windows二进制 METHYLKIT_1.10.0.ZIP
Mac OS X 10.11(El Capitan) METHYLKIT_1.10.0.TGZ
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylkit
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/甲基套件
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/methylkit/
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